4 августа корабли с британскими войсками стали подходить к пристаням Бакинского порта. На созванной рабочей конференции Шаумян предложил эвакуировать войска Красной армии в Россию, так как удержать власть в борьбе с турками и одновременно с английскими войсками не удастся. На помощь Советской России рассчитывать не приходилось из-за крайне тяжелого военного положения большевиков на Волге. Микоян был в числе голосовавших против такого решения конференции и решил остаться в Баку для подпольной работы.
На пароходы погрузились красноармейцы отряда Петрова, члены Совнаркома (бакинские комиссары) и другие руководящие работники. Они отплыли в Астрахань, но вскоре их окружили в море корабли военной флотилии «Диктатуры Центрокаспия» и силой возвратили в Баку. Красноармейцев обезоружили и отпустили на этих пароходах в Астрахань, а 30 человек, в том числе бакинских комиссаров и других ответственных работников во главе с Шаумяном, арестовали.
Меньшевики и эсеры провели выборы нового состава Бакинского совета, но, несмотря на чинимые преграды, были избраны 28 большевиков, в том числе девять из числа арестованных, а также Анастас Микоян и Георгий Стуруа.
14 сентября 1918 года турецкие войска вплотную подошли к Баку, меньшевики и эсеры стали покидать город, возникла угроза расправы турок над арестованными. Микоян организовал депутацию членов Бакинского совета к руководителям «Центрокаспия» с требованием спасти арестованных от расправы, для чего или освободить их, или отправить в Астрахань. Договорились с капитаном советского парохода «Севан», прибывшего из Астрахани, об отправке на нем освобожденных из тюрьмы. Пароход должен был перейти к причалу недалеко от Баиловской тюрьмы, где сидели комиссары.
Микоян пришел в «Центрокаспий» и застал там члена «Диктатуры» Велунца, который, боясь ответственности за возможную расправу над заключенными, согласился выпустить их из тюрьмы для эвакуации. Мой отец получил письменное распоряжение, взял солдат конвоя, и они подошли к тюрьме. Начальник тюрьмы обрадовался возможности в этой сложной ситуации избавиться от заключенных. Они уходили от тюрьмы уже под пулями турок.
Англичане, не имея достаточных сил, не смогли противостоять туркам и покинули Баку на пароходах. 15 сентября турки заняли Баку. Командующий турецкими войсками Нури-паша на три дня отдал город на растерзание аскерам (солдатам). Началась резня, массовые убийства, грабежи, поджоги, изнасилования, особенно в отношении армян. Их было вырезано около 30 тысяч человек. (Турки ушли из Баку в ноябре 1918 года, когда Германия и Турция подписали перемирие с Антантой. Их место заняли англичане.)