После смерти Петра I значение Сената начало падать, а его функции меняться. Учрежденный 8 февраля 1726 года Верховный Тайный Совет как при Екатерине I, так и в особенности при Петре II фактически осуществлял все права верховной власти, вследствие чего положение Сената, особенно по сравнению с первым десятилетием его существования, совершенно изменилось. Общее значение Сената в системе государственных учреждений очень быстро изменилось уже в силу одного того, что Верховный Тайный Совет стал над Сенатом.
Ослабленный в своем личном составе Сенат продолжал, однако, нести на своих плечах тяжелый труд мелкой текущей правительственной работы. Титул Правительствующий еще при Екатерине был признан «неприличным» Сенату и заменен титулом «Высокий». Верховный Совет требовал от Сената отчетов, запрещал ему производить расходы без разрешения, делал Сенату выговоры, грозил штрафами.
Императрица Анна указом 4 марта 1730 года Верховный Тайный Совет упразднила, и Правительствующий сенат был восстановлен в прежней силе и достоинстве. Число сенаторов было доведено до 21, причем в состав Сената вошли самые выдающиеся сановники и государственные деятели. Сенат снова сосредоточил в своих руках все управление.
С 1731 года его власть ограничивает Кабинет министров, который начал простирать свое влияние и на дела внешней политики, а потом и дела внутреннего управления, что довело Сенат до небывалого падения. 12 декабря 1741 года, вскоре после вступления на престол, императрица Елизавета издала указ об упразднении кабинета и о восстановлении Правительствующего сената (перед тем опять именовавшегося Высоким) в его прежней должности. Сенат не только стал верховным органом империи, не подчиненным никакому другому учреждению, не только являлся средоточием суда и всего внутреннего управления, снова подчинив себе военную и морскую коллегии, но нередко совершенно бесконтрольно осуществлял функции верховной власти, принимая меры законодательного характера, разрешая своею властью административные дела, раньше восходившие на утверждение монархов, и присвоив себе даже право самопополнения.
Однако после свобода действий Сената в области внутреннего управления была сильно стеснена сначала учреждением органа конференции при высочайшем дворе в 1756 году и постоянным вмешательством ее в дела внутреннего управления, а в 1762 году и запрещением императора Петра III «издавать указы».