1. Общее руководство таможенным делом в Российской Федерации осуществляет Правительство Российской Федерации.
2. Непосредственную реализацию задач в области таможенного дела в пределах компетенции обеспечивают федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в области таможенного дела, и федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий функции по контролю и надзору в области таможенного дела.
3. Федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий функции по контролю и надзору в области таможенного дела, обеспечивает единообразное применение всеми таможенными органами на территории Российской Федерации Договора о Союзе, международных договоров и актов в сфере таможенного регулирования, законодательства Российской Федерации.
В современных условиях функциональная система органов исполнительной власти Российской Федерации, регулирующих таможенную деятельность, сформирована и работает в рамках Правительства Российской Федерации. Согласно ст. 1 Федерального конституционного закона от 17.12.1997 № 2-ФКЗ «О Правительстве Российской Федерации» «Правительство Российской Федерации – высший исполнительный орган государственной власти Российской Федерации, осуществляющий исполнительную власть в Российской Федерации, сформированный на коллегиальной основе». К полномочиям Правительства Российской Федерации согласно ст. 14 ФКЗ «О Правительстве Российской Федерации» отнесено «осуществление общего руководства таможенным делом». Согласно ст. 6 ФКЗ «О Правительстве Российской Федерации» «Правительство Российской Федерации состоит из членов Правительства Российской Федерации – Председателя Правительства Российской Федерации, заместителей Председателя Правительства Российской Федерации и федеральных министров». Согласно ст. 12 ФКЗ «О Правительстве Российской Федерации» Правителство РФ осуществляет «общие вопросы руководства федеральными министерствами и иными федеральными органами исполнительной власти». Так, Правительство Российской Федерации непосредственно «руководит работой федеральных министерств и иных федеральных органов исполнительной власти и контролирует их деятельность, данные органы ответственны перед Правительством Российской Федерации за выполнение порученных им задач».