Жители Нишапура открыто подняли бунт и, при подходе могуллских подразделений, высылали отряды для их захвата.
Цены в Нишапуре стали очень высокими, а жителям было запрещено покидать город, поэтому большинство терпели лишения и страдали от голода.
К весне 618 (1221—1222) года и Толуй-хан покончил с Мервом и выдвинулся в Нишапур, о его приближении в городе не знали. Он собрал такое огромное войско, что в районе Туса они захватили все селения одним ударом и жестоко расправились с жителями. Вместе большой армией к Шадияху заблаговременно были направлены камнемётные орудия и другие вооружения. Несмотря на то, что Нишапур находится в каменистой местности, они загрузили большое количество камней для камнемётных орудий за несколько перегонов до города и везли их с собой в большом количестве, но в итоге даже десятая их часть не была использована.
Жители Нишапура стали понимать, что дело приобретает серьёзный оборот, и что на этот раз пришли не те войска, с какими они сталкивались до этого. На городских стенах у них было установлено три тысячи исправных арбалетов, три сотни камнемётных машин и баллист, запасено необходимое количество снарядов и нефти. От страха их души ушли в пятки, а колени задрожали. Они стали искать возможность спасения и послали к Толуй-хану главного кади Рукн ад-Дина Али ибн Ибрахим аль-Мугиши. По прибытии к хану он стал просить пощады для жителей Нишапура и согласился платить дань. Это не помогло и не произвело никакого впечатления, а ему самому не позволили вернуться.
Ранним утром в среду 12 числа месяца сафара (7 апреля 1221 года) начался штурм города, и жители яростно сражались в плоть до полуденной молитвы пятницы. К тому времени ров заполнили в нескольких местах всем, что было доступно, а в стенах появились бреши. Самым ожесточённым был бой у ворот Погонщиков верблюдов и в башне Кара-Куш, там, где находилось больше воинов. Могуллы установили свое знамя на стене Хусрау-Кушк и, поднимаясь наверх по установленным лестница, сражались с горожанами на крепостному валу. Одновременно штурмовали ворота Погонщиков верблюдов, также взбирались на укрепления. Битва продолжалась весь день до наступления ночи, а они продолжали лезть на стены и сбрасывать с них людей.
К приходу ночи субботы все стены и укрепления были заполнены могуллами. Толуй-хан в тот день был в трёх парасангах от Чангарака. После захвата стен могуллы спустились со стен и начали грабить и убивать. Горожане продолжали сопротивляться, рассеявшись по домам и дворцам. Могуллы искали Муджир аль-Мулька и нашли его в подземном ходе. Он начал грубить захватчикам, и они предали его позорной смерти. Татары выгнали всех оставшихся в живых, мужчин и женщин, из города на равнину. В качестве мести за смерть Тогачара было приказано разрушить город до самого основания, чтобы это место можно было перепахать, и во исполнение мести в живых не оставили даже кошек и собак.