Чингисхан направил Субедея выследить меркитов с заданием разбить их. Субедей нанёс поражение меркитам на реке Чу в 1216 году и повторно в 1219 году на территории Дикого Кипчака. Вскоре после этого Мухаммед II из Хорезма напал на Субедея у реки Иргиз. Субедей выстоял в упорной битве, применив хитрость и ряд обманных действий. В конце 1219 года Чингисхан повёл войско на запад для нападения на Хорезм. Субедей командовал авангардом основной колонны. С 70 000 воинов, или около того, его армия намного превосходила армию султана, чем всё то, на что мог рассчитывать Мухаммед II. Он попытался спастись, сбежав в центральную Персию. Чингисхан отправил Субедея и Джебе во главе туменов, чтобы выследить его. Мухаммед избежал плена, но заболел и умер в начале 1221 года.
Субедей провёл часть зимы в Азербайджане. Здесь он задумал обогнуть Каспийское море, чтобы напасть в тыл кипчакам. После полицейской операции в Персии и рейда в Грузию татары зимой пересекли Кавказские горы и обошли Дербентский перевал. При помощи закулисной дипломатии Субедей разгромил аланов и донских кипчаков. Он разгромил русское войско в районе реки Калка (31 мая 1223 г.), но набег на территорию Волжских Булгар закончился с серьёзными потерями. Субедей получил подкрепление и впоследствии покорил диких кипчаков и канглисов. Наконец, он вернулся к Чингисхану, в то же время, когда его армия также возвращалась домой.
Субедей сыграл ключевую роль в кампании против Ся в 1226 году. В 1227 году он завоевал районы Цзинь в верховьях реки Вэй. Боевые действия и операции были прерваны смертью Чингисхана. Наследником Чингисхана стал его сын Угедей. В 1230—1231 годах Угедей лично возглавил основную армию против империи Цзинь (в Центральном Китае), но попытка прорваться на равнины Хонаня окончилась неудачей после того, как Субедей потерпел поражение при Шан-чэ-хуе. Татары осадили и взяли Фэнсян, второстепенную цель. В 1231—1232 годах татары предприняли вторую попытку. На этот раз Субедею удалось перехитрить армии Цзинь. Могуллы одержали решающие победы при Сянфане (9 февраля 1232 г.), Янъи (24 февраля 1232 г.) и Тьех'линге (1 марта 1232 г.). Угедей и основная могуллская армия вернулись в Монголию, оставив Субедея с небольшими силами, чтобы завершить завоевание Хонаня. У Субедея были сложности с захватом больших городов и ему потребовалось еще почти 2 года, чтобы окончательно уничтожить империю Цзинь. Он заключил союз с Сун, чтобы получить помощь в выполнении поставленной цели. Сун не заставили долго ждать, чтобы поссориться с татарами. Две армии Сун захватили Кайфэн и Лоян летом 1234 года. Татары вернулись и отогнали войска Сун.