Одновременно Филон оставался набожным евреем, направляя усилия на экзегезы (толкование текста), прежде всего Библии; комментарии, проистекающие из его трудов, оказали сильное влияние на его время, сочинения стали принятой моделью библейского толкования для поздних христиан и евреев.
Революционное «открытие» Филоном пифагорейских элементов в книгах о Моисее породило теорию, что греки сами основали свое учение, опираясь на эти книги. Благодаря столь оригинальной софистике божественный авторитет, уже заклейменный астрологами, с таким же успехом добавили к пифагорейству.
Свои умозаключения Филон основывает на двуедином мире, духовном и физическом, причем последний становится образцом для первого и открывает чувствам физический аналог невидимых идей. Между непостижимым божеством и материальным миром он размещает посредника, логос гностиков, который преобразует огромную хаотическую материю земли по образцу, представляющему в материальной форме неосязаемую божественную идею. Аллегория суть методика, благодаря которой сущность можно образовать из внешнего вида.
Таким образом, каждая строка Священного Писания тщательно исследуется аналитическим взглядом Филона, вознаграждаясь результатами. Превосходным примером его методики, равно как свидетельством его философского подхода, стал его комментарий по поводу творения:
«Когда, следовательно, Моисей сказал:,Бог завершил дела свои на шестой день", мы должны понять, что он говорил не о количестве дней, но о том, что шесть взял как совершенное число. Поскольку первое число, которое равно в своих частях, в половине, в третьей и шестой частях из-за этого производится умножением двух неравных частей, двух и трех. Числа два и три превосходят внутреннюю вещественность, существующую в единстве, число два представляет собой образ материи, делясь на две части и рассекаясь как материя.
Что же касается числа три, то это образ твердого тела, а твердое может быть разделено в соответствии с тройным телом.
При этом, как бы то ни было, оно враждебно движениям органических животных, поскольку органическое живое естественно способно двигаться в шести направлениях: вперед, назад, вверх, вниз, направо и налево. И во всех событиях он хотел бы показать, что погоня за моралью и бессмертным существованием бытует лишь в соответствии с их приблизительными числами, измеряющими моральные существа. Как я уже заметил, с помощью числа шесть, и благословенными и бессмертными существами с помощью числа семь. Закончив создание смертных существ на шестой день, он начинает седьмой день созданием иных, божественных существ».