Конечно, оппозиционная деятельность В.Д. Набокова оказалась на виду и не могла вызвать симпатии в правительственных кругах. В 1905 году его лишают придворного чина камер-юнкера, потом запрещают ему преподавательскую деятельность в Императорском училище правоведения.
Но Набоков был уже слишком серьезно занят политикой, чтобы пойти на попятную. Его популярность в либеральной среде росла…
В 1906 году он был избран членом Первой Государственной думы от Санкт-Петербурга. Депутаты первого состава Думы, прозванной за оппозиционный настрой Думой народного гнева, видели свою задачу не столько в совместной работе с царским правительством, сколько в борьбе с ним на неутихающих волнах революционных событий. Противоречия оказались неразрешимыми, и через 72 дня Дума была распущена с одновременным объявлением новых выборов.
Но за этот период В.Д. Набоков, как представитель кадетской фракции, самой крупной и влиятельной в Думе, успел подняться на трибуну 28 раз, и каждая его речь становилась событием. Особое впечатление на общество произвело выступление, в котором он бросил правительству вызов, поставив депутатов Думы, как законодательную власть, выше исполнительной власти страны. «…С точки зрения принципа народного представительства мы можем только сказать одно: исполнительная власть да покорится власти законодательной…»
Но новый министр внутренних дел Петр Аркадьевич Столыпин, назначенный на этот пост в апреле 1906 года, не желал «покоряться» оппозиционной Думе, настроенной на конфронтацию, напротив, утверждал, что «надлежит справедливо и твердо охранять порядок в России». Вот только представления об этом порядке у министра внутренних дел и думской оппозиции были разные.
После роспуска Первой думы В.Д. Набоков оказался в числе депутатов, подписавших в знак протеста Выборгское воззвание – обращение к народу с призывом защитить первый состав Думы и оказать правительству «пассивное сопротивление», не платить налоги, не ходить в армию: «…когда правительство распустило Государственную думу, вы вправе не давать ему ни солдат, ни денег».
Подписавшие воззвание депутаты попали под суд и в большинстве получили стандартный приговор: три месяца заключения и лишение избирательных прав, а также права заниматься легальной политической деятельностью. То есть в дальнейшем они выдвигать свои кандидатуры на выборах в Думу уже не могли. И на положение крупных политиков, признанных государством, претендовать тоже не могли.