Возобновив в 1871 году чтение лекций в Университете, Николай Игнатьевич в 1877 году занял еще кафедру физиологии и на женских медицинских курсах при Николаевском военном госпитале. Эту кафедру он сохранял за собою вплоть до закрытия курсов в 1888 году. Николаю Игнатьевичу часто ставили в упрек то, что цикл его лекций на медицинских курсах не был достаточно подкреплен экспериментально и соответственно обставлен. Но ведь здесь, в отличие от Университета, у него не было лаборатории, ни сколько-нибудь оборудованного физиологического кабинета. Но это была не его вина. Женские врачебные курсы в практическом отношении были вообще скудно оснащены, слушательницам приходилось посещать лаборатории и клиники, разбросанные в самых отдаленных частях города [15, 26, 66, 71].
Здесь, на курсах, Бакст отдавался преподавательской деятельности с той же добросовестностью, как и в университете, приучая своих учеников относиться требовательно и строго прежде всего к своей собственной работе. Эта черта его характера посеяла немало терний на его жизненном пути, однако ничто не могло заставить его ни на шаг уклониться от этих высоких принципов.
И еще одна характерная деталь. Касается она того, что Николай Игнатьевич весьма серьезно смотрел на стремление женщин к высшему и в том числе к медицинскому образованию. Он предъявлял к ним такие же строгие требования, как и к студентам мужского пола, считая женскую молодежь в одинаковой мере подготовленной к слушанию и восприятию медицинских дисциплин.
В период службы в университете и на женских медицинских курсах Бакст особое внимание уделял преподаванию и меньше занимался экспериментальной работой. Как лектор Бакст был доступен не для всякой аудитории, ибо он не был популяризатором как, например, Цион. Вместе с тем, лекции его были полны интереса и глубоки по содержанию. В них было много фактического материала. Бакст постоянно приводил массу доказательств любой научной истины и, чтобы лучше уяснить ее, прибегал часто к так называемым доказательствам от противного. Лекции Бакста по физиологии питания, кровообращения, зрения представляли собой по тому времени прекрасные пособия и серьезный научный вклад в экспериментальную и клиническую физиологию.
Как педагог он был строг, но в тоже время справедлив. Относясь в высшей степени добросовестно к своим обязанностям, любя физиологию и придавая ей не без основания огромное значение в деле изучения заболеваний, Николай Игнатьевич постоянно твердил, что только знание нормальных процессов и отправлений человеческого организма уясняет сущность патологических процессов.