Не удовлетворившись словами Останкова о том, что «даже более тяжелые случаи, например при прогрессивном параличе леченные лихорадкой, обратимы», Павлов заметил, что «на основании массы прежних материалов мы должны сказать, что изменения должны быть». Дальше он еще три раза возвращается к тому же вопросу, настойчиво спрашивая: «Установленные в данном случае микроскопические изменения могут идти назад или даже исчезнуть?». «Если говорить об этом случае, то можно ли с уверенностью сказать, что если бы этот больной поправился, то эта картина у него совершенно бы исчезла? Есть ли какие-нибудь доказательства в этом отношении?». «… Взять хотя бы случай с К-ным, 20 лет был кататоником, а потом поправился. Остается вопрос: ушли эти изменения или остались?». Своими оригинальными вопросами он ставил меня в тупик, но одновременно заставлял думать, выдвигая новые темы.
Не получив определенного ответа на свой вопрос, Павлов закончил это заседание следующими словами: «А все-таки этот материал насчет слоев еще долго будет разрабатываться. Жаль, что не представляется возможным перенести эти опыты в лабораторию».
С 1933 года Пинес заведовал лабораторией по изучению мозга в ИЭМ: «В 1933 году с «благословения» Ивана Петровича и сотрудников его по физиологической лаборатории ВИЭМ была организована под моим руководством лаборатория архитектоники коры мозга, которая работала в контакте с руководимым Иваном Петровичем Отделом физиологии ВИЭМ. Организацией этого мы обязаны директору ВИЭМ Л. И. Федорову и сотрудникам Павлова – И. С. Розенталю и Ф. П. Майорову.
В 1935 году в связи с переводом Отдела морфологии ВИЭМ в Москву Иван Петрович предложил мне включиться в работу в качестве заведующего гистологической лабораторией Физиологического института Академии наук. По его поручению в конце 1935 года ко мне приезжал И. А. Подкопаев с соответствующим предложением. Я дал свое согласие Ивану Петровичу».
С 1936 по 1950 год Пинес – заведующий гистологической лабораторией Института физиологии им. И. П. Павлова Академии наук СССР.
Профессор, заслуженный деятель пауки РСФСР (1949).
Пинес был клиницистом-невропатологом и нейроморфологом и проводил исследования по морфологии и физиологии нервной системы, в том числе иннервации эндокринных желез, локализации вегетативных центров в спинном и головном мозге. Выдвинул концепцию о путях корковой регуляции функций внутренних органов.