Поэтому и были награждены все участвовавшие офицеры, в том числе и братья Брюс.
За участие во втором Крымском походе Яков Брюс пожалован поместьем 130 четей земли и 15 рублями денег.
Личное знакомство Петра с Брюсами состоялось после второго Крымского похода в сентябре 1689 года. И связано это с разрешением кризисной ситуации, завершившей противостояние Петра и Софьи. 8 августа Петр, напуганный известием о том, что стрельцы якобы готовы по приказу царевны Софьи выступить против него, выехал в Троицу, следом за ним прибыло в монастырь и его окружение. Таким образом, образовалось два центра противостояния: Кремль с Софьей и Троицкий монастырь с 17-летним Петром. В ходе четырехнедельного противостояния все разрешилось в пользу Петра, и определяющим фактором в этой борьбе оказался приход в монастырь в поддержку Петра отряда иноземцев, несмотря на угрозу смертной казни, объявленную Софьей. Этим отрядом руководил шотландец по происхождению генерал Патрик (Петр Иванович) Гордон. Яков Брюс состоял в отряде поручиком. Прибытие в монастырь отряда П. Гордона состоялось 5 сентября 1689 года. Отряд иноземцев в полном составе был представлен Петру, который пожаловал их «к руке», спрашивал о здоровье и из собственных рук поднес по чарке вина. Так началась служба Я.В. Брюса непосредственно Петру Алексеевичу. За участие в походе к Троицкому монастырю, где, «живучи в Троицком монастыре, государское здоровье оберегали и в людских харчах и в конских кормах великую нужду и убытки терпели», Брюс был пожалован поместьем от 160 до 270 четвертей земли и деньгами от 16 до 37 рублей.
Конечно, говорить о том, что поручик Брюс и молодой царь сразу стали близки друг другу, излишне. Служба Якова Вилимовича проходила под непосредственным командованием П. Гордона, который, как следует из его дневника, 17 сентября 1689 года был вызван царем в Александровскую слободу, где показывал ему учение солдат. 18-го Гордон проводил перед государем конное учение и боевую стрельбу. Такие же учения проходили 19-го в 10 верстах от слободы, в Лукьяновой пустыни, 20 и 21 сентября – в поле. В этих «марсовых потехах» поручик Брюс, безусловно, принимал участие.
В начале октября, после переселения Софьи в Новодевичий монастырь, Петр вместе со свитой и войсками возвращается в Москву. В этот период происходят новые назначения на государственные должности и учреждение полков, которым в будущем суждено будет вытеснить стрельцов. Всего было образовано 4 полка, в каждом из которых было по восемь тысяч человек. Первый – Гордона, второй – Лефорта, третий – Преображенский, четвертый – Семеновский. Позже Преображенский полк был распределен по кораблям на морскую службу.