23 июля 1667 года власти назначили настоятелем монастыря сторонника реформ отца Иосифа, который должен был провести реформу в Соловецком монастыре. Иосиф был приведён в монастырь и здесь на общем соборе монахи отказались принять его в качестве настоятеля.
После чего Иосиф был изгнан из монастыря, а позже настоятелем был избран архимандрит Никанор. Открытый отказ от принятия реформ был воспринят московскими властями как бунт.
3 мая 1668 года царским указом для приведения обители в повиновение – на Соловки было послано стрелецкое войско. Стрельцы под командованием стряпчего Игнатия Волохова высадились на Соловецком острове 22 июня. На увещания отправленного Волоховым в монастырь посланца монахи ответили заявлением, что они «по новым книгам петь и служить отнюдь не хотят», а когда Волохов хотел силой войти в монастырь, его встретили пушечными выстрелами, и он, имея в своём распоряжении лишь незначительные силы, должен был отступить и удовольствоваться осадой монастыря, которая затянулась на несколько лет.
В сентябре 1673 года на Белое море прибыл воевода Иван Мещеринов с указаниями начать активные военные действия против защитников Соловецкого монастыря, включая обстрел стен монастыря из пушек.
До этого момента правительство рассчитывало на мирное разрешение ситуации и запрещало обстрел монастыря. Царь обещал прощение всем участникам восстания, добровольно явившемся с повинной.
Рано наступивший в октябре 1674 года холод вынудил Ивана Мещеринова отступить. Осада снова была снята, и войска отправлены на зимовку в Сумский острог. В 1674—1675 годах стрелецкое войско было удвоено.
До конца 1674 года монахи, оставшиеся в монастыре, продолжали молиться за царя Алексея Михайловича. 7 января 1675 года на сходке участников восстания было принято решение не молиться за царя – «ирода».
В конце мая 1675 года Мещеринов явился под монастырём с 185 стрельцами для разведки. Летом 1675 года военные действия ужесточились, и с 4 июня по 22 октября потери только осаждавших составили 32 человека убитыми и 80 человек ранеными. Мещеринов окружил монастырь 13 земляными городками (батареями) вокруг стен, стрельцы начали вести подкопы под башни. В августе прибыло пополнение в составе 800 двинских и холмогорских стрельцов.
На этот раз Мещеринов решил не уходить с островов на зиму, а продолжать осаду и зимой. Однако защитники монастыря отстреливались и наносили большие потери правительственным силам, погибли 36 стрельцов во главе с ротмистром Степаном Потаповым.