• 1-й отдел вел разведывательную работу против партизанских отрядов и руководил работой межобластных и районных резидентур, получая от них агентурные материалы. Начальником отдела был полковник Шаповалов;
• 2-й контрразведывательный отдел (по личному составу) занимался проверкой, приемом и увольнением личного состава подразделений «Зондерштаба-Р», проводил среди его сотрудников агентурную работу. Начальник отдела – старший лейтенант Бондаревский;
• 3-й отдел проводил антисоветскую пропаганду в целях разложения партизанских отрядов. Начальником отдела был эмигрант Вюрглер;
• 4-й отдел (административно-хозяйственный) занимался снабжением сотрудников штаба и резидентур продовольствием, денежным и вещевым довольствием. Начальник отдела – Плотников.
Структура органа неоднократно подвергалась изменениям. Всю практическую деятельность «Зондерштаб-Р» проводил через межобластные резидентуры – разведывательно-резидентские области (РРО). Вся оккупированная немцами советская территория делилась до июля 1943 г. на 5, а позднее на 4 разведывательно-резидентские области: РРО «А» – Крым. Разведывательно-резидентская область «Б» охватывала среднюю и южную часть территории Украинской ССР. РРО «Ц» дислоцировалась в Чернигове и действовала в северных районах УССР и частично в БССР. Ее резидентуры находились в Бобруйске, Гомеле, Полоцке, Новозыбкове, Клинцах, Лоеве, Калинковичах, Чернигове, Стародубе, Прилуках, Ковеле, Козельце, Овруче, Слуцке и местечке Куликовка. В сентябре-октябре 1943 г. резидентуры в Бобруйске, Полоцке и Слуцке были переданы в состав РРО «Ц 1», которая стала действовать непосредственно на территории БССР. Областной аппарат вначале находился в Могилеве, а с 15 октября 1943 г. – в Минске. Резидентуры области «Ц 1» были в Орше, Себеже, Могилеве, а с осени 1943 г. – в Слуцке, Бобруйске, Жлобине, Полоцке. РРО «Д» действовала на территории республик Прибалтики и в северных областях РСФСР.
Связь руководства РРО с резидентурами проходила через курьеров, которые два раза в месяц доставляли отчетные материалы. Агентурная сеть состояла из штатных агентов, находившихся на полном ее содержании, разъездных агентов-разведчиков и информаторов по населенным пунктам. Агенты и разведчики состояли на связи у резидентов, а информаторы – у штатных агентов.