При отступлении агентуру команд, групп и их подразделений использовали как факельщиков и подрывников для поджога населенных пунктов, подрыва мостов и других сооружений. Наряду с подрывной деятельностью в тылу советских войск, команды и группы по месту своей дислокации проводили активную борьбу с партизанским движением. Основной контингент агентуры проходил обучение в школах или на курсах при командах и группах. Наряду с этим проводилась индивидуальная подготовка агентов сотрудниками разведоргана.
Агентам-диверсантам давались и разведывательные задания. Срок их выполнения был от 3 до 5 и более дней, после чего агенты по паролю возвращались на сторону немцев. Агенты с заданиями пропагандистского характера перебрасывались без указания срока для обратного возвращения. На советско-германском фронте действовали 6 диверсионных команд: 201, 202, 203, 204, 205, 206. В подчинении каждой находилось от 2 до 6 абвергрупп[202].
Контрразведывательные команды и группы «Абвер-3», действовавшие на советско-германском фронте в тылу немецких армейских группировок и армий, которым они были приданы, проводили активную агентурную работу по выявлению советских разведчиков, партизан и подпольных работников, а также собирали и обрабатывали трофейные документы. Эти команды и группы перевербовывали некоторых задержанных советских разведчиков, через которых проводили радиоигры с целью дезинформации органов советской разведки. Каждая контрразведывательная команда и группа имела при себе штатных или постоянных агентов, завербованных из людей, перешедших на сторону немецких войск, зарекомендовавших себя на практической работе. Эти агенты передвигались вместе с командами и группами и внедрялись в созданные немецкие административные учреждения и предприятия.
Структуры «Абвера-3» активно создавали лжепартизанские отряды, в которые вовлекались советские активисты-патриоты, оставшиеся на оккупированной территории. После чего их арестовывали. Кроме того, ложные отряды, для дискредитации партизанского движения организовывали бандитские налеты, грабили, убивали мирное население и сжигали населенные пункты. Для проведения карательных операций против советских партизан создавались специальные отряды. Контрразведывательные команды и группы свою работу проводили в контакте с органами СД и ГФП. Они вели агентурную разработку подозрительных с точки зрения немцев лиц, а полученные данные передавали в органы СД и ГФП для реализации. На советско-германском фронте действовали 5 контрразведывательных абверкоманд – 301, 302, 303, 304 и 305. В подчинении каждой абверкоманды находилось от 3 до 8 абвергрупп, которые придавались армиям, а также тыловым комендатурам и охранным дивизиям.