После Цусимского разгрома критика Морского министерства в печати достигла небывалых размеров. Многие возвращающиеся из плена офицеры рассказывали о сражении, давали материал для публицистов. Бывший контр-адмирал Н. И. Небогатов (командующий 3-м броненосным отрядом 2-й эскадры Тихого океана) дал несколько интервью, в которых говорил, что надеется разоблачить виновников разгрома из высшего руководства флота. В связи с этим Морской министр адмирал А. А. Бирилев и ряд высокопоставленных адмиралов давали устные указания находящимся на службе офицерам не выступать в открытой печати с «безответственными высказываниями» и без санкции начальства. Пытаясь таким образом ограничить утечку информации и в то же время обобщить опыт войны на море, руководство морского ведомства начинает сбор и издание закрытых сборников документов. В 1907 году ученым отделом Главного Морского штаба напечатаны выпуски 2-й и 3-й книг. В выпуске 2-м были донесения, отчеты, рапорты и показания о бое командиров, офицеров и матросов со следующих кораблей: «Бородино», «Ослябя», «Адмирал Нахимов», «Олег», «Аврора», «Светлана», «Жемчуг», «Алмаз», «Урал», «Бравый», «Блестящий», «Бодрый», «Иртыш», «Русь», а также контр-адмирала О. А. Энквиста и др. Выпуск 3-й содержал рапорты З. П. Рожественского (командующий 2-й эскадрой Тихого океана) Морскому министру, донесение адмирала Того (командующий Соединенным флотом Японии) и материалы личного состава кораблей: «Орел», «Сисой Великий», «Адмирал Ушаков», «Император Николай I», «Аврора», «Владимир Мономах», «Дмитрий Донской», «Изумруд», «Урал», «Буйный» и «Грозный». Оба выпуска имели гриф «Не подлежит оглашению до 1922 г.».
Схема размещения запаса угля (показано штриховкой) сверх нормального (1902 т), принятого в порту Габон 15 ноября 1904 года
В 1907 году также были опубликованы «Отчет по делу о сдаче 15 мая 1905 г. неприятелю судов отряда бывшего адмирала Небогатова» и «Отчет о вооружении вспомогательных крейсеров и их крейсерских операциях в русско-японскую войну 19041905 гг.». В 1912 году в типографии Морского министерства был напечатан хронологический перечень событий, составленный лейтенантом Новиковым. На основании сохранившихся вахтенных журналов, телеграмм, донесений, показаний, воспоминаний и писем описывалась история эскадры со 2 октября 1904 года по 17 мая 1905 года с указанием архивных источников. Там же был приведен перечень сохранившихся вахтенных и флагманских журналов и списки офицеров эскадры. Перечень был разослан участникам похода и сражения с просьбой написать в историческую часть МГШ о неточностях, ошибках и предоставить дополнительные сведения.