Под сводами Спасского храма покоились тела многих князей. Среди них – убитого в Орде тверского князя Михаила Ярославича, Ивана Калиты и жены его Елены. В 1396 году под своды собора поместили саркофаг с останками епископа Стефана Пермского, который вошёл в историю как просветитель народов пермских лесов.
В XVI столетии собор Спаса на Бору перестроили в очередной раз, он стал выше и просторнее. На его завершении, рядом с большим барабаном, появились два малых с луковичными главками. Стены храма расчленили лопатками на четыре части, а под закомарами пробили окна. К восточной стене были пристроены три полукруглые апсиды и придельная церковь с главкой на барабанчике. С западной стороны к дверному проёму храма поднимался лестничный марш паперти. Внутри собор делился на четыре части, своды которых опирались на стены и три столпа. Таким и освятил храм митрополит Даниил в 1527 году.
В царствование Ивана Грозного к Спасскому собору присоединили ещё несколько приделов (два снаружи и три внутри). Тогда же в связи с обустройством царского дворца соборную братию перевели в палаты, построенные на берегу Москвы-реки вблизи Крутицкого подворья. Сначала эту обитель называли «Спаса на Новом», а затем одним словом – «Новоспасская».
В 1817 году храм Спаса на Бору, обновлённый после изгнания французов из Москвы, получил статус обычной приходской церкви. К началу столетия эта церковь представляла собой четверик, завершающийся крестообразном сводом с тремя закомарами со всех сторон. В центре пересечения свода возвышался большой световой барабан с узкими окнами, покрытый шлемовидной главой. К западной стороне собора примыкала двухъярусная трапеза с двумя небольшими звонницами по углам. С северной и западной сторон в храм вели два входа, обрамлённые порталами.
Церковь Спаса на Бору была ценнейшим памятником русской архитектуры и истории.
Шесть столетий её хранили как национальную святыню.
Даниил Александрович. По традиции первым московским князем считается младший сын Александра Невского Даниил. Во время его малолетства городом и окрестными поселениями управляли наместники великого князя Владимирского. Сам Даниил Александрович стоял во главе Московского княжества с 1276 по 1303 год, то есть больше четверти века. Первый раз он упоминается в летописи как участник похода 1282 года на Переяславль-Залесский. Это был стольный город его брата, великого князя Дмитрия Александровича. Даниил с другим своим братом, Андреем, оспаривал права старшего брата – притязание для его небольшого княжества явно преждевременное. Даниил понял это и в дальнейшем поддерживал Дмитрия.