Вновь перед Разведупром ставились и контрразведывательные задачи 19 апреля 1924 г. Я.К.Берзин и начальник Информационно-статистического отдела РУ С.Р.Будкевич докладывали председателю РВС СССР Л.Д.Троцкому: «…Развед. Управлением приняты меры к выяснению работы различных восточных эмигрантских центров, поддерживаемых Польшей, Францией, Англией, Турцией и Афганистаном, несмотря на то, что эти задачи не входят в круг действий Развед. Управления, так как соответствующие кредиты отпускаются в распоряжение Г.П.У.»>6. Не чужда была Разведупру и политическая информация (отражавшаяся в военно-политических материалах и изданиях 3-го отдела), хотя она и не была главной в его работе.
И на новом посту основное внимание Ян Карлович по-прежнему уделял агентурной работе. Н. Ляхтеров, сотрудник Разведупра с 1933 года, вспоминал: «Берзин обладал аналитическим умом, он был изобретательным в разработке самых сложных разведывательных операций. Основой стратегической разведки Берзин считал агентурную разведку. На создание нелегальных радиофицированных резидентур в странах вероятного противника он направлял весь свой организаторский талант и опыт подпольной партийной работы. Павел Иванович принимал непосредственное участие при подборе и подготовке нелегальных резидентов (Зорге, Маневич, Мрочковский, Стигга, Узданский, Кравченко, Треппер, Абрамов и др.). …Все мы, в те годы работники Разведывательного управления, ощущали заботливое отношение Берзина к легальным зарубежным разведаппаратам. Он лично участвовал в подборе достойных руководителей на должности военных советников и военных атташе (Путна, Якир, Геккер, Рыбалко, Орлов, Тупиков и др.) и крышевых оперативных работников».
Опираясь на опыт, в том числе и на личный, В. Сухоруков, которого Ян Карлович провожал в Китай в сентябре 1924, в Латвию в декабре 1933, в Болгарию в декабре 1934 года, отмечал: «Берзин, отправляя сотрудника управления за рубеж, всячески подчеркивал полное ему доверие, уверенность в его способность выполнить поставленное задание, в способность всегда находиться в более выгодном положении, чем противник. Он давал понять разведчику, что в случае неудачи он его поддержит и не даст в обиду. Все это формировало у оперативных работников чувство ответственности и готовности даже ценой сверхусилий выполнить поставленную задачу во имя интересов Родины. Павел Иванович никогда никого не отправлял за рубеж без теплого и сердечного напутствия, а с наиболее близкими соратниками прощался путем товарищеского объятия. Также тепло и сердечно он встречал своих дозорных часовых, возвратившихся из стана противника»