В 2000 году выполнила и защитила кандидатскую диссертацию на соискание ученой степени кандидата архитектуры по теме «Историко-культурные аспект развития мадраса в условиях исламского мира (истоки, развитие, типологические особенности, взаимодействие и преемственность традиций)» по научной специальности 18.00.01 – Теория и история архитектуры, реставрация и реконструкция историко-архитектурного развития.
Работая на кафедре Гуманитарных дисциплин (преподавала обще-гуманитарные дисциплины «Культурология» и «История таджикского народа», совмещая преподавание специальных дисциплин «Архитектурное проектирование» на архитектурной специальности факультета Строительства и Архитектуры), Саодат Мукимова целеустремленно продолжила свои научные изыскания в избранной научной специальности, часто выезжала в различные регионы Таджикистана, соседние Узбекистан, Кыргызстан и Казахстан для изучения в историко-архитектурном и современном планах общественные, культовые, учебно-просветительские здания и сооружения (Табл. 1). В результате за относительно короткий срок (2002—2006 гг.) смогла провести исследования по широкому аспекту общественных и культовых зданий Центральной Азии и издать несколько учебных пособий, книг и монографий (частью в соавторстве). В русле своих научных интересов она смогла в условиях жесткого конкурсного отбора добиться грантов для продолжительных поездок сначала в Японию, затем в США, Дубай, Швецарию, где собрала значительный материал для научного задела по подготовке докторской диссертации. В результате на свет вышли такие книги, как «Мадраса Мавераннахра и Хорасана» (учебное пособие, в соавторстве), «Культурология. Краткий конспект лекций» (учебное пособие, в соавторстве), «Средневековая городская культура Центральной Азии» (учебное пособие, в соавторстве), «Архитектура лечебных учреждений Центральной Азии. Древность и средневековье» (в соавторстве), «Некоторые проблемы истории и культуры Таджикистана» (учебное пособие, в соавторстве), «Архитектура дворцов Центральной Азии», «Архитектура научных центров Востока». Одновременно Соадат Мукимова активно участвует с докладами во многих международных, республиканских и вузовских конференциях и симпозиумах в Душанбе, Худжанде, США.
Другой сферой деятельности молодой ученой является методологическая и иная помощь начинающим, таким же как она сама, молодым ученым. Так, например, при её деятельной неофициальной консультации были подготовлены кандидатские диссертации иранских ученых Хамида Бабазаде и Парвиза Мохибали, посвященные отдельным аспектам гражданского и культового зодчества Ирана и Центральной Азии.