Отсутствие высших учебных заведений на Дальнем Востоке и незначительное число возможных претендентов из числа приезжих не позволяли реально организовать такой институт при Сибирской флотилии.
До этого времени торговый флот в значительной степени комплектовался за счет офицеров военно-морского флота. Русско-турецкая война 1877—1878 гг. показала недостаточность подготовки офицеров резерва. В 1877 г. было принято Положение о прапорщиках запаса флота, предусматривающее подготовку из капитанов дальнего плавания и штурманов дальнего плавания резерва флотских офицеров. Дальнейшим его развитием стало «Временное положение о прапорщиках запаса флота», объявленное приказом по Морскому ведомству №53 от 4 апреля 1896 г.
Положение предусматривало производство в чин прапорщика находящихся в запасе флота нижних чинов, окончивших курс мореходных классов, имеющих звание шкипера дальнего и каботажного плавания, штурмана дальнего плавания, а также судовых механиков (после сдачи льготного экзамена). В случае призыва в военное время эта категория резервистов имела право занимать обер-офицерские должности на кораблях военного флота. Для производства в подпоручики было необходимо сдать экзамен в объеме звания гардемарина, а поручика – в объеме звания мичмана. Экзамены сдавались: строевыми офицерами – в Морском корпусе, инженер-механиками – в Морском инженерном училище. Для производства в прапорщики флота экзамены сдавались в портовых комиссиях. Для Сибирской флотилии такая комиссия была сформирована при Главном порте Восточного океана во Владивостоке.
Претенденты должны были пройти 6-недельное плавание на кораблях и сдать экзамены по установленной программе. Экзамены для прапорщиков по морской части состояли из: 1) русского языка, 2) уставов, 3) сведений по кораблевождению, артиллерии, минному делу и огнестрельному оружию; по механической части: 1) русского языка, 2) уставов, 3) практической механики и 4) управления более сложными машинами. Оценки выставлялись по 12-бальной шкале, экзамен считался успешным при среднем балле не ниже 8, если ни один предмет не был оценен менее, чем на 6. После чего успешно сдавшие экзамены производились в прапорщики запаса флота высочайшим приказом по Морскому министерству.
Прапорщики запаса не имели права службы на флоте в мирное время. В случае призыва в военное время, они пользовались всеми правами прапорщиков, в т.ч. производством в следующие чины, но при окончании военных действий для того, чтоб остаться на военном флоте, должны были в течение года сдать полный экзамен на чин мичмана