Учеба будущих мореходов планировалась в течение 2 лет, в двух классах – младшем и старшем. Учениками зачислялись лица не моложе 14 лет – с тем, чтобы по окончании классов и после выработки плавательского ценза они могли попасть на ответственные должности на судах не ранее 18-летнего возраста. Учебные занятия должны были продолжаться 6 месяцев в году, по 48 уроков в неделю на оба класса, остальное время следовало отдавать практике. Сверх общеправительственной программы намечено было, с учетом местных условий, изучать два дополнительных предмета – английский язык и пароходную механику. Мореходные классы временно поместили в городском училище, а еженедельное число уроков в них распределили следующим образом:
а) в младшем классе: навигация (и астрономия) – 4 урока, арифметика (и алгебра) – 4 урока, геометрия – 3 урока, плоская тригонометрия – 3 урока, физическая и морская география (лоция) – 1 урок, морская практика – 1 урок, морское законоведение – 1 урок, пароходная механика – 2 урока, английский язык – 4 урока, русский язык – 1 урок;
б) в старшем классе: астрономия (и навигация) – 5 уроков, алгебра (и арифметика) – 3 урока, геометрия – 1 урок, сферическая тригонометрия – 3 урока, морская практика – 2 урока, морское законоведение – 1 урок, пароходная механика – 2 урока, английский язык – 3 урока, русский язык – 2 урока.
Всего – по 24 урока в неделю в каждом классе.
Постоянных занятий определили ежедневно по 3 урока (с 2,5 до 6 час. вечера) и дополнительных, по 3 раза в неделю (через день) – еще 2 урока в день, с 12,5 до 2,5 час. дня. Указанное распределение занятий зависело от работы городского училища, где один класс освобождался с 12,5 час., а другой – с 2,5 час. дня. Сверх того, утреннее время решено было выделить на такелажные работы, осмотр портовых мастерских и завода, а также на изучение и сборку судовых машин. Таким образом, количество учебного времени в целом соответствовало общему по стране, однако существенным недостатком сразу же стало отсутствие у мореходных классов собственных помещений и материальной базы, а также совместительство основной массы преподавателей (несших службу в Сибирской флотилии, либо преподававших в других учебных заведениях), из-за чего занятия приходилось проводить в вечернее время.