Петр I придавал школе большое значение и постоянно следил за ней. В одном из писем адмиралу Ф. М. Апраксину он писал: «Сами можете видеть, какая в том есть польза, не только к морскому делу нужна сия школа, но и артиллерии и инженерству».
Первый выпуск из школы состоялся в 1705 г.
Навигацкие школы, подобные московской, были открыты также в Таврове, Петербурге, Сестрорецке, Кронштадте, Новгороде, Нарве, Ревеле, Риге, Казани, Астрахани и других городах. В этих школах учили грамоте, началам арифметики, элементарным понятиям корабельного дела и артиллерии.
В 1715 г. в Санкт-Петербурге была открыта «Морская академия». Директором её назначили француза Сент-Илера, а общее руководство осуществлял А. Матвеев (через два года Сент-Илер был выслан из России, оставив после себя на русском флоте лишь слово «гардемарин», т.е. морской хранитель, гвардеец моря). Согласно сохранившемуся донесению брауншвейгского резидента Вебера, «в это лето окончательно устроена Морская академия, и в целой обширной России не было ни одной знатной фамилии, которая не обязалась бы выслать в эту академию сына или другого родственника от 10 до 18 и старшего возраста». В академию были переведены из Москвы все учителя (кроме Л. Магницкого) и дворянские недоросли, общим числом 300 человек. По данным Д. Дена, «учреждённая несколько лет назад в С.-Петербурге Академия для обучения гардемарин, или молодых дворян, подготавливаемых во флот, встретила более, чем обычно, одобрения и имела большой успех. Конфискованный у Александра Кикина, бывшего адмиралтейского советника, казненного за участие в деле царевича, дом был отведен для нее. Господа Фархварсон и Гвын, преподаватели математики, имевшие большой вес в Москве, были переведены из этого города и поселились здесь».
Первоначально академия была рассчитана на 300 человек, но уже к 1718 г. количество обучаемых составило 865. В академии учили «арифметике, геометрии, навигации, артиллерии, фортификации, географии, рисовать, живописного, и воинским обучениям мушкетами и на рапирах и некоторых – астрономии». В отличие от Московской навигацкой школы, академия изначально жила по строгому распорядку. Первая учебная программа ее была составлена лично Петром I и имела конкретный военно-морской характер. Срок обучения был определен Адмиралтейств-коллегией в ноябре 1726 г. и составил шесть лет и девять месяцев. С 1718 г. выпускники назначались не на корабли, а в организованную при академии гардемаринскую роту в 300 человек, т.е. впервые была создана