В двадцать лет Фракасторо уже преподавал в родном университете логику. Некоторое время он был врачом-консультантом папы Павла III, имел обширную медицинскую практику. Обобщив взгляды предшественников, начиная с авторов античности до современных ему врачей, он впервые сделал попытку вывести общую теорию эпидемических болезней и описание целого ряда заразных недугов: оспы, кори, чумы, чахотки, бешенства, проказы и т. д. В 1546 году он ввел в медицину термин «инфекция».
После смерти Фракасторо его прах был перевезен в родной город, Верону, где в 1555 году ему поставили памятник. В 1935 году Международный астрономический союз присвоил имя Фракасторо одному из кратеров на видимой стороне Луны.
В Италии, да и в остальной Европе, Фракасторо прославился, написав поэму «Сифилис, или французская болезнь». Она до сего дня считается самой знаменитой медицинской поэмой. Слова «французская болезнь» в названии поэмы нуждаются в пояснении.
В. М. Жданов, Г. В. Выгодчиков, Ф. И. Ершов, А. А. Ежов, Н. Г. Коростылев в книге «Занимательная микробиология» пишут:
«Кстати сказать, есть предположение, что сифилис был завезен в Европу из Америки, а уж потом из Европы в другие страны. Это предположение располагает рядом серьезных доказательств: болезнь распространилась в Европе вскоре после путешествия Колумба с той же быстротой, как корь и оспа среди индейцев, и протекала скоротечно и тяжело. Любопытно и то, что у всех народов Европы того времени сифилис считался болезнью западного соседа; итальянцы называли его – «испанской болезнью», французы – «итальянской», в Германии его величали болезнью «французской», в Польше – «немецкой», в России – «польской». Однако есть данные и в пользу того, что эта болезнь была известна еще древнейшему населению Европы и Азии, и ее быстрое распространение в ХV веке вызвано социальными причинами».
Громкая слава поэмы «Сифилис», известность и надежное покровительство позволили Фракасторо бросить медицинскую практику. И в 1546 году он издает прославившую его в веках книгу под названием «О заразе, заразных болезнях и лечении».
Ныне Фракасторо считается одним из основоположников эпидемиологии. Он подытожил все достижения медицины прошлого (Гиппократ и Аристотель, Лукреций Кар, Плиний Старший и другие медицинские светила древности) и дал стройную теорию о существовании «живого контагия» – живой причины заразных болезней.