На Гражданской войне Зернин продолжил службу на юге России в добровольческом флоте, когда главнокомандующий Вооруженными силами Юга России генерал-лейтенант А.И. Деникин приказом № 1317 от 27 июня 1919 года создал Средне-Днепровскую флотилию под командованием капитана 1-го ранга Григория Ивановича Бутакова. В составе одного из ее дивизионов Зернин командовал канонерской лодкой К-8 «Кременчуг». В трагические дни Крыма в Русской армии генерал-лейтенанта Петра Николаевича Врангеля старший лейтенант Зернин, с учетом его богатого штурманского опыта, был переведен в преподаватели штурманского класса во вновь открывшемся Морском корпусе в Севастополе. А после падения Крыма в Бизерту прибыл транспорт «Кронштадт», ведомый опытной штурманской рукой Зернина. Русская эскадра окончила свой путь, и старший лейтенант Зернин надолго осел в колониальном жарком Тунисе, замыслив описать свой флотский опыт для будущих поколений.
На страницах опубликованной книги «Балтийцы», вышедшей в Париже в 1931 году, старший лейтенант Зернин рассказал о боевой жизни Балтийского флота в годы Великой войны. Свидетельства очевидца и участника описываемых событий привлекли внимание любителей жанра морского рассказа и русской читающей публики в целом. Даже едкие либеральные критики воздержались от обычных в таких случаях нападок. Книга нравилась многим и более того, била в цель достоверностью описанных морских приключений.
Газета «Русский инвалид» от 7 октября 1931 года устами своего литературного обозревателя сообщала: «Зернин в ряде живых и глубоко захватывающих рассказов о боевой службе и деятельности отдельных миноносцев и подводных лодок воспроизводит беспримерную доблесть офицеров и матросов… в неравной борьбе морских сил Балтийского моря с могущественным Германским флотом. Геройская гибель „Сивуча“ с отданием воинских почестей остаткам команды доблестно погибшей канонерской лодки, составляет одну из славных страниц истории Российского Императорского флота».
Александр Владимирович Зернин любил не только избранную однажды морскую профессию, но всегда интересовался военно-морской историей и, будучи оторван от флотской службы, с 1920 года не прекращал внимательно следить за развитием морского дела и техники.
Многочисленные и подробные дневники и записки старшего лейтенанта Зернина, сделанные им еще в дни войны, послужили неплохим материалом для будущей литературной работы, которой офицер в изгнании продолжал уделять по-прежнему достаточно времени.