В связи с наличием второй, неспецифической афферентной системы ВНС, афферентная иннервация выполняет не только пассивную функцию отключения (торможения) эфферентной части дуги безусловного рефлекса, но и активную функцию – торможение центральных структур ВНС. Эта функция обеспечивается водителями ритма в каждой небольшой группе клеток, к которой подходит отдельное нервное волокно. Судя по всему, большую часть времени функционируют именно афферентные волокна ВНС, поддерживая своей сигнализацией через вторую, неспецифическую афферентную систему заторможенное состояние клеток ядер ствола головного мозга (в том числе гипоталамуса).
Кроме специфической афферентной системы существует вторая или неспецифическая афферентная система. Информация от периферических чувствительных нервных окончаний, представленная многими типами рецепторов (барорецепторов, механорецепторов, хеморецепторов, терморецепторов) в этой системе обезличивается, поступая по коллатеральным связям на одни и те же нейроны.