Глубоко скорбел Иннокентий о противоречии жизни обязанностям христианским. Он дивился, что, когда в церквах служба и пение, театры полны зрителями, заплатившими дорого за то, между тем как богатые из них скупятся положить грош на украшение храма.
Однажды пришел к Иннокентию бедный отшельник в ветхой одежде, и Иннокентий предложил ему одну из своих. Тот отказался. «Брат, – сказал архимандрит, – если ты ради Господа не примешь эту одежду, я отдам ее нищему или брату на дороге». Инок взял, наконец, одежду и сказал:
«Ныне ты одел меня; будет же время, когда ты оскудеешь и Господь оденет тебя, и я верую, что сбудется над тобою слово: дающий нищему – дает взаим Богу и примет сторицею». Слова инока в свое время в точности сбылись.
В келлии Иннокентия горела постоянно лампада пред иконами, и он, несмотря на слабость изнуренного трудами и постом тела, часто преклонял там колена с молитвой мытаря: «Боже, милостив буди мне грешному».
Семь лет продолжалась деятельность Иннокентия в Петербурге, удивительная по сложности и разнообразию должностей, – административная, учебная, ученая, цензорская, настоятельская, проповедническая, старческая – и наряду с этим аскетические подвиги.
Ярко горел его светильник, но уже стал истощаться. Умственные усилия надорвали уже и без того слабое здоровье Иннокентия. К этому присоединилась еще простуда. Однажды ночью, утомленный приготовлением записок к лекции на завтра, он стоял у аналоя и, обессилев, прилег тут же, на полу, чтобы скорее проснуться и докончить записки; но получил простуду и тяжко заболел, и уже более не оправлялся.
Способности, известность, деятельность Иннокентия обещали ему широкий путь. По обычному ходу дел ему предстояло чрез одну-две степени назначение на какую-нибудь из главных, историческую, знаменитую, кафедру, где его деятельность могла бы проявиться в полной силе, но Господь сподобил ревностного раба Своего, рано окончившего трудовую жизнь, завершить ее не в славе, а в скорбях, принятых за истину.
В царствование императора Александра I появилась в высшем русском обществе, особенно в Петербурге, наклонность к так называвшемуся на тогдашнем языке «внутреннему христианству». Неправильное учение это, шедшее часто в разрез с православием, клонившееся к отрицанию Церкви, породившее много сект с направлением нездорового мистицизма и бывшее предшественником появившихся в наши дни еретических толков, находилось под покровительством обер-прокурора Синода кн. Голицына, очень влиятельного в то время лица.