11 декабря 1831 г., при производстве работ в Благовещенском соборном храме, был найден поврежденный сверху склеп, в котором в истлевшем гробу (с 1703 г.) покоилось нетленное тело святителя Митрофана.
О всех этих событиях преосвященный Антоний донес Св. Синоду, который просил Высочайшего разрешения проверить их.
Наряженная из духовных лиц комиссия донесла, что святитель был погребен во влажном черноземе и, несмотря на чрезвычайную сырость места, нижняя доска гроба осталась целой при разрушении остальных сторон; схимонашеское облачение и тело святителя в полном нетлении; исцеления засвидетельствовали до ста лиц. Св. Синод поднес доклад, утвержденный Государем:
1) Тело Воронежского епископа Митрофана, в схимонасех Макария, признавать за мощи несомненно святые.