Первым учителем был крепостной человек его родителей – живописец Павел Соколов, потом с ним занималась старшая сестра, священник соседнего села, гувернантка и студент Московской духовной академии.
Еще дома Михаил увлекся чтением. В десять лет поступил в Московский дворянский институт, созданный из Университетского пансиона. Он сразу сдал экзамены в 3-й класс. Институт находился на месте, где сегодня расположено здание центрального телеграфа на улице Тверской. В начале XIX века Университетский пансион был одним из лучших прогрессивных учебных заведений. В нем учились поэты-декабристы, А. Грибоедов, а также М. Лермонтов, П. Вяземский, Е. Баратынский, В. Жуковский, Л. Мей и другие. Ко времени поступления туда Михаила в 1836 году там сохранялись еще старые добрые традиции, но через год, по приказу императора Николая I, начались перемены, как, впрочем, и в Царскосельском лицее, куда волею начальства и по настоянию матери он как один из лучших учеников был переведен в 1838 году казеннокоштным пансионером. Лицей уже был далеко не таким, как при А. Пушкине, находился под пристальным полицейским надзором, поскольку был призван воспитывать кадры высших чиновников.
Вспоминал Михаил, как неуютно чувствовал себя здесь в «годы ранней юности… проведенные под сенью «заведения», в котором почти исключительно воспитывались генеральские, шталмейстерские, егермейстерские дети, вполне сознававшие высокое положение, которое занимают в обществе их отцы». Товарищи-аристократы называли Салтыкова насмешливо «умником», хотя это не мешало им признавать его бесспорные способности.
Окончив в 1844 году лицей, Салтыков вынес помимо школьной науки еще и неподдельный интерес к социальным вопросам. И посему неверноподданный чиновник начал свою службу в канцелярии военного министерства, а уже через три года он всерьез занялся литературной работой.
Резкую и определенную оценку классовым противоречиям в России конца 40-х годов позапрошлого века Салтыков дал в повести «Запутанное дело», написанной в 1848 году. Повесть вышла из печати в дни революционных событий во Франции и немедленно попала в поле зрения царской охранки. Она была рассмотрена вместе с повестью «Противоречия», и уже через месяц, 26 апреля, императором Николаем I был подписан приказ о ссылке Салтыкова в Вятку.