В 1652г. казахи потерпели поражение и были вынуждены покинуть предгорья Алатау, занятые джунгарскими кочевьями.
В 1667 г. джунгары ликвидировали государство Алтан-ханов.
После смерти Батур-хунтайджи между его наследниками шла борьба за власть. В 1678 г. хан Галдан-Бошокту (детство и юность провел в Тибете, где был пострижен в монахи. Став ханом, он, следуя монашескому обету, брил голову), упрочив свою власть над ойратскими владениями, начал завоевательные походы в Казахстан, Среднюю Азию и Восточный Туркестан. Сын Жангир-хана – Тауке-хан (1680—1715) – не смог остановить джунгаров и в 1681 г. войска Галдана перешли реку Шу. В результате походов 1683—1684 гг. был взят и разрушен г. Сайрам. В 1683 г. джунгарская армия под командованием Цэван-Рабдана дошла до Ташкента и Сырдарьи, разбив два казахских войска. В 1690г. желая присоединить к Джунгарии Восточную Монголию Галдан-хан вступил в военное столкновение с цинским Китаем. В 1696г. он потерпел поражение на Тэрэлже, что в значительной степени было обусловлено выступлением против Галдана его племянника Цэван-Рабдана, ставшего новым правителем ханства (1697—1727). В 1698 г. войска Цэван-Рабдана, в очередной раз разгромили казахов и совершили поход до Тенгиза и Туркестана.
В 1710 г. джунгары разорили российский Бикатунский острог, который пытались основать на землях Джунгарского ханства российские войска. В 1715 г. джунгары снова начали военные действия против империи Цин, и захватили Хами. В феврале-апреле 1716 г. по указанию ойратского хана Галдан-Церена ойратами был разгромлен российский отряд полковника И. Д. Бухгольца, который по указам Петра Первого пытался основать на территории Джунгарского ханства Ямышевскую крепость. Ямышевская крепость была срыта, отряд Бухгольца, потеряв убитыми и пленными 2300 человек, был вынужден отойти на российскую территорию и на окраине Джунгарского ханства вместо Ямышевской крепости основать новый опорный пункт – крепость Омск.
В 1716 г. 6-тысячный корпус ойратов совершил рейд в Тибет через труднопроходимые хребты Куньлуня и разгромил там цинские войска, заняв Лхасу. В 1717 г. джунгары в районе Нагчу дали отпор цинской армии, попытавшейся вытеснить их из Тибета.
В 1718 г. джунгары нанесли поражение казахам близ реки Аягоз. В том же году джунгары разбили казахское войско на реке Арыс. Кроме джунгар, казахам приходилось отбивать набеги башкир, бухарцев, кокандцев и хивинцев.