С декабря 1931 года, года переворота, приведшего Мартинеса к власти, шло жестокое подавление сельского сопротивления. Наиболее заметным событием было восстание сальвадорских крестьян в феврале 1932года, первоначально возглавляемое Фарабундо Марти и Абель Куэнка, и студенты университета Альфонсо Луна и Марио Сапата, но эти лидеры были схвачены еще до планируемого восстания. Выжил только Куэнка, остальные повстанцы были убиты правительством. После захвата лидеров движения восстание вспыхнуло неорганизованно и под контролем толпы, что привело к правительственным репрессиям, которые позже были названы Резня, потому что десятки тысяч граждан погибли в последовавшем хаосе по приказу президента Мартинеса.
В нестабильном политическом климате предыдущих нескольких лет общественный деятель и революционный лидер Фарабундо Марти помог основать Коммунистическую партию Центральной Америки и возглавил коммунистическую альтернативу Красному Кресту под названием International Red Aid, выступая в качестве одного из ее представителей. Их цель состояла в том, чтобы помочь бедным и обездоленным сальвадорцам с помощью марксистско—ленинской идеологии (решительно отвергая сталинизм). В декабре 1930 года, в разгар экономической и социальной депрессии в стране, Марти был вновь изгнан из-за своей популярности среди бедняков страны и слухов о его предстоящем выдвижении на пост президента в следующем году. Как только Артуро Араухо был избран президентом в 1931 году, Марти вернулся в Сальвадор и вместе с Альфонсо Луной и Марио Сапатой начал движение, которое позже было усечено военными.
Они помогли начать партизанское восстание коренных фермеров. В ответ правительство убило более 30 000 человек на «мирной встрече» в 1932 году. Крестьянское восстание против Мартинеса было подавлено сальвадорскими военными через десять дней после его начала. Восстание под руководством коммунистов, вызванное падением цен на кофе, имело некоторый первоначальный успех, но вскоре утонуло в кровавой бане. Президент Мартинес, свергнувший избранное правительство всего несколько недель назад, приказал расстрелять побежденного Марти после поверхностного слушания.
Исторически сложилось так, что высокая плотность населения Сальвадора способствовала напряженности в отношениях с соседним Гондурасом, поскольку бедные землей сальвадорцы эмигрировали в менее густонаселенный Гондурас и обосновались как скваттеры на неиспользуемых или недостаточно используемых землях. Это явление стало основной причиной футбольной войны 1969 года между двумя странами. До 130 000 сальвадорцев были насильственно изгнаны или бежали из Гондураса.