В 1604 году разразился крупный политический конфликт между областями Джанг и Цанг. Монастырь Джонанг был в непосредственной опасности нападения. Медитируя у ступы Джонанг Кумбум, Таранатха пришел в отчаяние, видя, что все его усилия по возрождению учения Джонанг могут оказаться напрасными, а традиция может быть уничтожена. В силу чего Таранатха пожелал удалиться в ретрит, подальше от всех проблем, создаваемых заблуждающимися, охваченными страстями людьми. Но ему явился Долпопа и вдохновил на продолжение работ, заверив, что его усилия не будут напрасны.
Следующей ночью Таранатха обратился с молитвой к Долпопе, и ему явился Бодхисаттва, который произнес особое четверостишие. В результате Таранатха осознал истинный смысл учения жентонг Долпопы, и все его сомнения рассеялись. Он почувствовал, что теперь в его руках великий ключ, которым можно отворить двери всего Учения Будды.
Свое постижение Таранатха выразил в тексте «Украшение мадхьямаки-жентонг» – одном из его важнейших трудов, полностью посвященном разъяснению воззрения. По словам Таранатхи, он получил несколько пророчеств от Долпопы и лицезрел его много раз как наяву, так и во сне.
– Я, знаток воззрения великого всеведущего Долпопы, сохраню его истинные намерения, —
сказал он.
Так в 1618 и 1619 годах он неоднократно видел дворец правителей Шамбалы в Калапе и самих царей, а также слушал их учения. Он полагал, что эти видения – результат его веры в то, что абсолютным взглядом всех сутр и тантр является мадхьямака-жентонг. Немного ранее, в 1615 году, могущественный правитель Цанга, Деси Пунцог Намгьял, предоставил земельный участок и все необходимое, включая рабочих, для начала строительства монастыря, который должен был стать центром учений окончательного смысла доктрины Будды. Этот монастырь, строительство которого было завершено в 1628 году, стал резиденцией Таранатхи, названной Тактен Дамчо Линг.
Незадолго до ухода Таранатха назначил своего ученика Сангье Гьямцо преемником в монастыре Тактен Дамчо Линг и сделал много предсказаний касательно традиции Джонанг и серьезных политических конфликтов, которые охватят Тибет. К несчастью, Сангье Гьямцо ушел вскоре после Таранатхи. Тогда другой ученик великого мастера, Кунга Ринчен Гьямцо, был назначен главой монастыря и возглавлял традицию Джонанг в течение следующих пятнадцати лет.