В случае неизлечимой болезни, абсолютное следование принципу автономии пациента дает ему право распоряжаться своей жизнью по собственному усмотрению (дилемма эвтаназии), но так как существует действующий принцип неприкосновенности относительно жизни человека, он не может ею распоряжаться. Принцип неприкосновенности жизни человека имеет и религиозное, и философское обоснование. С позиции сознательности религиозной, человек является Божьим творением, то есть полностью принадлежит Богу и самовластье над собственным телом отрицает, потому что человек наделен не правом господства над самим собой, а ответственностью за себя. В философии этот принцип находит обоснование в том, что личность человека является первой и трансцендентной ценностью, мы впадем в полный релятивизм, если разрушим эту основу.
Особого внимания, на наш взгляд, заслуживает проблема абортов. Согласно принципу автономии, женщина может распоряжаться собственным телом, но, согласно принципу человеческого достоинства, она не смогла бы самостоятельно решить судьбу эмбриона, потому что данный принцип гарантирует права человека, который не способен принимать решения самостоятельно. Очевидно, что решить проблему этичности аборта можно лишь решив вопрос статуса эмбриона. В этом случае нам приходиться сталкиваться с проблемой не столько биоэтической, сколько философской, поскольку поднимается вопрос точки отсчета человеческой жизни. Ответ на этот вопрос ученые ищут в острых интеллектуальных дискуссиях, которые преданы широкой публичной огласке, поскольку ответ на этот вопрос крайне значим для общества. Вопрос о начале человеческой жизни может конкретизироваться следующим вопросом: "Является ли эмбрион частью организма матери, с которым она может совершать любые действия, или он социально признанный субъект нравственных отношений, и наделен человеческими качествами индивидуальности?" В зависимости от того, каким будет ответ на поставленный вопрос, можно выстраивать аргументации в пользу выбора «за автономию» или «за жизнь».
Сегодня в медицинской практике, практически повсеместно применяют контрацепцию и стерилизацию с целью профилактики искусственного прерывания беременности. Радикальные противники абортов считают, что применение контрацептивов есть скрытая форма аборта, однако при этом признают их двумя разновидностями зла по своей значимости.