Нужно отметить, что среди выступавших были и люди, поддержавшие Бекмаханова.
Казахские коллеги продолжали травить Бекмаханова. 25 декабря 1950 г. в газете «Правда» вышла статья Т. Шойынбаева, Х. Айдаровой и Я. Якунина под заголовком «За марксистско-ленинское освещение вопросов истории Казахстана». Вслед за этим Научный совет Института истории Академии наук СССР 21 февраля 1951 года обсудил статью газеты «Правда» и оценил книгу Ермухана Бекмаханова как: «С политико-теоретической точки зрения вредный, ошибочный труд, написанный с позиции буржуазного национализма».
ЦК Коммунистической партии (большевиков) Казахстана 10 апреля 1951 г. принял постановление по поводу этой статьи и дал указание «о коренном уничтожении вируса национализма».
Е. Бекмаханова исключили из коммунистической партии, а 24 апреля 1951 г. на расширенном заседании научного совета в Высшую аттестационную комиссию было внесено предложение о лишении Ермухана Бекмаханова степени кандидата исторических наук и степени доктора исторических наук.
Получили строгие выговоры, были лишены научных степеней и освобождены от занимаемых должностей Е. Дилмухамедов за труд «Восстание казахов в 1837—1847 годы под предводительством Кенесары Касымова» и А. Жиреншин за труд «Абай и его русские друзья». Именно они во время дискуссии в Алма-Ате защищали труд Ермухана Бекмаханова.
В июне 1951 г. президиум Академии наук Казахской ССР принял постановление «О реализации постановления бюро ЦК КП (б) Казахстана от 10 апреля 1951 года». Высшая аттестационная комиссия 6 октября того же года лишила Ермухана Бекмаханова ученых степеней и званий.
На пленуме ЦК КП (б) Казахстана, который проходил 16—17 октября 1951 г., был обсужден доклад первого секретаря ЦК Компартии Казахстана Жумабая Шаяхметова «О состоянии идеологической работы в партийных организациях республики и ее дальнейшем совершенствовании».
Исключенный из партии, оставшийся без работы и званий Ермухан Бекмаханов преподавал историю в школе села Нарынкол Алматинской области, а через два месяца стал работать учителем Новотроицкой средней школы Чуйского района Жамбылской области. 5 сентября 1952 г. Бекмаханов был арестован и 2 декабря того же года отправлен на 25 лет в ГУЛАГ [36].
После смерти Сталина Анна Михайловна Панкратова обратилась к Никите Хрущеву, объяснила ему суть дела – дело Бекмаханова было пересмотрено и 16 февраля 1954 г., он был реабилитирован. В тот день, когда он освободился, у него не было даже теплой одежды. Панкратова дала ему денег и сказала: «У тебя есть друзья, но есть и враги. Ты должен хорошо выглядеть». Ермухан называл ее второй матерью и впоследствии говорил: «Я впервые почувствовал свое сердце, когда хоронил Анну Михайловну».