Когда скончался великий князь Иоанн, святитель взял под свою опеку его малолетнего сына Димитрия (будущего Донского).
В 1357 г., после смерти хана Чанибека, святителя Алексия призвал в Орду молодой свирепый хан Бердибек. Он требовал новую дань с русских князей. Алексий не только отговорил хана от враждебных намерений, но и получил всевозможные милости для Церкви и государства.
В 1360 г. Алексий отправился в Киев, чтобы в южных пределах Руси утвердить православие, попавшее под влияние Римской Церкви.
Занимаясь государственными делами, святитель Алексий заботился о строительстве и восстановлении храмов и монастырей. Кроме Андроникова монастыря во имя Всемилостивого Спаса, который он построил в 1360 г. в память спасения от бури, когда святитель возвращался на Русь после своего посвящения в сан митрополита в Константинополе, Алексий основал женскую обитель во имя своего небесного покровителя. В 1362 г. им был заложен Владычний монастырь близ Серпухова; восстановлены Благовещенский монастырь в Нижнем Новгороде и Константино-Еленский во Владимире. В 1365 г. в Московском Кремле Святителем Алексием был основан Чудов монастырь – в честь Чуда архангела Михаила. Алексий очень любил эту обитель и часто бывал там, проводя дни в посте и молитве.
В 1378 г., на 78-м году жизни, после великих трудов для Церкви и отечества святитель Алексий преставился и был погребён в основанном им Чудовом монастыре. Сейчас мощи святого покоятся в Богоявленском (Елоховском) соборе в Москве.