Популярность Гапона стремительно росла, что привело к недовольству священников "старой школы" из соседних приходов, вдруг обнаруживших, что они стремительно теряют паству. Священники стали строить козни против молодого выскочки, но тот в долгу не остался, обвинив их в фарисействе и лицемерии.
Тяжелый удар
1898-ой год стал для Гапона переломным моментом. Его молодая супруга тяжело заболела и скоропостижно скончалась, оставив на руках мужа двух маленьких детей. Смерть жены стала для Георгия Аполлоновича тяжелейшим ударом. Молодой священник утратил вкус к жизни, потерял интерес к проповедям, его стала угнетать провинция.
Понимая, что тяжелые мысли могут привести его к непоправимому шагу, Гапон отправляется в Санкт-Петербург, где надеется поступить в духовную академию.
Полученный в Полтаве диплом второй степени не позволял Георгию Аполлоновичу поступать в академию, но помощь епископа Илариона пригодилась и здесь. Церковный сановник замолвил словечко о Гапоне перед своим другом Константином Победоносцевым, всесильным обер-прокурором Святейшего Синода. С рекомендательным письмом епископа Георгия Аполлоновича с легкостью взяли на 1-й курс петербургской духовной академии. Учебой и аскетическим образом жизни Гапон надеялся приглушить тоску по умершей супруге.
Но все вышло иначе. Учеба в академии категорически разочаровала полтавского священника. Георгий Аполлонович не принял методы обучения в академии, которые он называл "мертвой схоластикой, не дающей ответа на вопрос о смысле жизни".
В Петербурге душевное равновесие окончательно оставило Гапона, он забросил учебу и летом 1899 года отправился в Крым восстанавливать здоровье.
Пребывание на море положительным образом сказалось на состоянии Гапона. Он много ходил по святым местам, размышлял о жизни и смерти, несколько раз был близок к тому, чтобы уйти в монахи, но, в конце концов, решил, что его предназначение остается таким же, как в детстве – "поймать чёрта". То есть, бороться с власть имущими, притесняющими простой народ.
Проповедник среди рабочих
И, возвратившись в столицу империи, Гапон начал "ловить чёрта" тем способом, что был ему доступен, а именно, проповедью. Проповедовал Георгий Аполлонович среди очень сложной аудитории, а именно, среди петербургских рабочих. Бедным, озлобленным людям, добывающим кусок хлеба тяжелым трудом, достаточно было легкой искры, чтобы "проучить попа", но Гапону всегда удавалось удерживать интерес толпы на безопасном для себя уровне.