Помимо указанных в директиве президента ведомств разведдеятельностью традиционно занимался и Государственный департамент, который на протяжении многих лет претендовал на особую роль в обеспечении руководства страны аналитически обработанной информацией. В период разработки президентской директивы Госдеп и некоторые члены аппарата президентской администрации при поддержке ряда законодателей выдвинули предложение о возложении координирующих функций в области разведки именно на внешнеполитическое ведомство страны. Однако президент не торопился с выбором координатора, оставив этот вопрос на дополнительную проработку.
Ситуация в мире тем не менее развивалась таким образом, что требовалось форсировать приготовления к возможному втягиванию страны в грядущую войну. Активизация разведывательных и контрразведывательных мероприятий представляла собой один из элементов подготовки страны к фактически новому состоянию. В этой связи президенту пришлось принять срочные меры для координации разведывательных и контрразведывательных программ ФБР, военной и военно-морской разведки, для чего указом главы государства был сформирован так называемый Межведомственный разведывательный комитет (МРК). При этом приоритет Рузвельт отдал Федеральному бюро расследований, обязав все федеральные ведомства передавать в бюро любую информацию и материалы, касающиеся не только контрразведывательной, но и разведывательной сфер. В сентябре 1939 года, через несколько дней после вступления Великобритании и Франции в войну против Германии, президент США подтвердил полномочия ФБР в качестве координатора контрразведывательной и разведывательной деятельности.
Между тем ситуация с точки зрения сотрудничества спецслужб США кардинальным образом не улучшилась: дублирование функций и соперничество продолжали существенно затруднять работу заинтересованных ведомств. В этой связи в середине 1940 года директор ФБР предложил президенту новый вариант решения проблемы – создать в рамках бюро чисто разведывательный орган и поручить ему ведение внешнеполитической разведки. Однако глава государства не поддержал это предложение из-за опасения сосредоточения разведывательных и контрразведывательных функций в одних руках.
Развязывание Германией агрессии против СССР, а через некоторое время вступление во Вторую мировую войну США самым непосредственным образом отразились на пересмотре функций и организационных структур американской разведывательной системы в целом.