С июня, после падения жирондистов, юг Франции был охвачен восстаниями, которые получали поддержку со стороны эмигрантов и интервентов.
В качестве комиссара Конвента Баррас участвовал в подавлении роялистского мятежа в Тулоне (август-декабрь 1793 г.). Первым (?) отличил молодого лейтенанта (?) Бонапарта, своей властью произвел его в капитаны (!?) за удачную рекогносцировку побережья и приблизил к себе; но главную заслугу во взятии Тулона он все же отдает (приписывает?) генералу Дюгомье, командовавшему штурмом. Принял личное участие в захвате форта Фарон на левом фланге.
Осуществляя репрессии в Тулоне и Марселе (на некоторое время, по их инициативе, получивших названия соответственно «Порт Горы» и «Безымянный город»), Баррас и Фрерон чрезвычайно обогатились. Комитет общественного спасения, до которого дошли жалобы на них, 23 января 1794 г. их отозвал.
С восторгом принятый в Конвенте, но очень холодно – в Комитете, Баррас попытался воздействовать лично на Робеспьера, но тот не пожелал с ним разговаривать. После этого, образовав группировку, впоследствии известную как термидорианцы, он начал готовить заговор против Робеспьера. Был активным участником термидорианского переворота (27—28 июля 1794). В Конвенте в начале событий не присутствовал, но в критический момент был назначен комендантом Парижа, командующим его внутренними войсками, привел колонну силой в 4 тыс. чел. на Гревскую площадь и добился перелома событий в пользу Конвента. Лично командовал захватом Ратуши, где укрылись Робеспьер и его сторонники, и их арестом.
Вскоре после переворота вошел в состав Комитета общественной безопасности. 5 октября 1795 г. (13 вандемьера IV года) роялисты в Париже устроили мятеж, и Баррасу, вновь назначенному командующим вооруженными силами Парижа, было поручено его подавить. Для этого он привлек ряд знакомых генералов, в том числе Брюнна и Бонапарта. Последнего он сделал своим адъютантом, а после успешного завершения событий добился в Конвенте его назначения своим заместителем.
Когда в соответствии с Конституцией III года Республики 27 октября 1795 г. правительством Франции стала Директория, Баррас вошел в её состав, став её фактическим главой. Баррас был единственным, кто участвовал в Директории непрерывно всё время её существования. Ему удалось сохранить свой пост и после переворота 18 фрюктидора V года (4 сентября 1797), в котором он принял активное участие, став членом Второй директории, и после переворота 30 прериаля VII года (18 июня 1799 г.), когда он вошел в состав Третьей.