Когда эрцгерцог Карл принял командование над австрийской армией, Беллегард 4 марта 1796 г. был произведен в фельдмаршал-лейтенанты и назначен членом его военного совета. В 1797 г. участвовал в заключении Леобенского перемирия.
В 1799 г. поставлен во главе корпуса в Тироле, в задачу которого входила охрана коммуникаций между армиями Суворова и эрцгерцога Карла. 20 марта нанёс поражение Лекурбу при Финстермюнце, но 20 июня был разбит Моро при Джулиано. Затем участвовал в осаде Алессандриии и битве при Нови. После поражения австрийцев при Маренго сменил Меласа на посту командующего армией в Италии. 25 декабря 1800 г. был разбит генералом Брюном при Поззоло и отступил за Минчо и Адду. 15 января 1801 г. был вынужден подписать перемирие в Тревизо, по условиям которого обязался передать французам крепости Мантую, Пескьеру и Леньяго.
После заключения Люневильского мира оставлен командовать австрийскими войсками в Венеции.
В 1801 г. произведён в генералы от кавалерии и назначен командующим войсками во Внутренней Австрии и членом Гофкригсрата – Придворного военного совета.
В кампании 1805 г. командовал корпусом в составе армии эрцгерцога Карла в Италии. В сражении при Кальдьеро руководил правым флангом австрийской армии.
После заключения мира занял пост главнокомандующего в Граце, а с 3 декабря 1806 г. – в Галиции.
В кампанию 1809 г. возглавил 1-й корпус (ок. 38 тыс. чел.) и армию (1-й и 2-й корпуса) в Верхнем Пфальце. Выбил части корпуса Даву из Регенсбурга, а затем присоединился со своими войсками к эрцгерцогу Карлу. Отличился в сражениях при Экмюле, Асперне, Ваграме и Цнайме.
12 сентября 1809 г. произведён в генерал-фельдмаршалы.
После Шёнбруннского мира, в 1809—13 гг. был президентом Гофкригсрата, оставаясь одновременно главнокомандующим в Галиции. Участвовал в реорганизации австрийской армии. В декабре 1813 г. был назначен главнокомандующим австрийскими войсками в Италии и Иллирии.
После отречения Наполеона, заключил 24 апреля 1814 г. в Мантуе перемирие с Эженом де Богарнэ.
В кампанию 1815 г. возглавил войска, действовавшие в против Мюрата, и нанёс ему ряд поражений, в т. ч. при Ферраре, Окнио и Толентино.
В 1815—16 гг. – вице-король Ломбардо-Венецианского королевства.
В 1816—20 гг. – в отставке, жил в Париже. 24 июля 1820 г. вновь занял пост президента Гофкригсрата.