Общее руководство саентологическими организациями в России и странах-участницах Союза независимых государств (СНГ) осуществляет некоммерческое партнёрство «Центр управления деятельностью по распространению Дианетики>7 и Саентологии»>8, который расположен в городе Лосино-Петровский Щёлковского района Московской области.
В Российской Федерации было официально зарегистрировано только одно религиозное объединение саентологов – «Саентологическая церковь Москвы»>9.
>7 Дианетика (от греч. dia «через» и греч. nous «душа, разум») – это начальный раздел Саентологии, предложенная Л. Роном Хаббардом методика работы с разумом, которая, согласно автору, может помочь снизить силу нежелательных ощущений и эмоций, нерациональных страхов и психосоматических заболеваний (заболеваний, вызванных или усугубленных эмоциональными расстройствами).
>8 Председатель Правления – Наталья Сергеевна Лукашкина.
>9 Учреждена 29 декабря 1993 года; Свидетельство о регистрации Устава религиозного объединения №438 от 25 января 1994 года выдано Управлением юстиции Москвы. В соответствии с Федеральным законом от 26 сентября 1997 года №125-ФЗ «О свободе совести и о религиозных объединениях» все религиозные организации, в том числе и Саентологическая церковь Москвы, должны были перерегистрироваться или подлежали ликвидации. Управление юстиции г. Москвы отказывало Саентологической церкви Москвы в перерегистрации, и саентологи были вынуждены обратиться в Европейский суд по правам человека. 15 марта 2007 года Саентологическая церковь г. Москвы выиграла дело в Европейском суде по правам человека, в связи с отказом Управления юстиции г. Москвы в перерегистрации церкви и, в результате, была перерегистрирована в качестве религиозной организации.
К сожалению, Саентологическая церковь Москвы, которая в 2015 году насчитывала около шести тысяч прихожан и свыше 300 сотрудников, лишилась официальной регистрации>10 и продолжает действовать в качестве религиозной группы.
Согласно собственной классификации саентологов, у них в России есть две церкви – в Москве и в Санкт-Петербурге. Так как Саентологическая Церковь города Санкт-Петербурга не имела в прошлом государственной регистрации и не имеет её в настоящее время, то с точки зрения российского законодательства она является религиозной группой и носит название религиозная группа «Саентологическая Церковь города Санкт-Петербурга».