Желание решительным ударом обессилить неприятеля побудило Сайго направить свою силу на Боатангов, как на самых могущественных и упрямых из всех своих противников. 13 июня японское войско, разделённые на три отряда, вступило с разных сторон на враждебную территорию.
Японцы шли, не встречая сильного сопротивления. Но их положение простым не было. Природные условия серьёзно осложняли их путь: проливной дождь, характерный для этого времени года, разливы рек и их стремительное течение, отсутствие дорог, незнание местности влекли за собой много лишений и труднопроходимых препятствий. А на здоровье членов экспедиции вредно влияли постоянная сырость, сильная жара и изнурительные работы. Многие заболевали лихорадкой. Горцы избегали открытого боя, совсем неравного для них, при этом, обстреливая японцев безнаказанно из-за неприступных скал и тревожили их неожиданными нападениями. Боевые потери японцев были невелики – 12 человек. А вот от малярии умер 561 японский солдат.
Династия Цин потребовала немедленного вывода японских войск с территории Тайваня. Тэрасима, сменивший Соэдзиму на посту министра иностранных дел, опасаясь дипломатических осложнений, послал Окубо в Нагасаки, чтобы приостановить экспедицию. В августе 1874 года посол Японии Окубо Тосимити прибыл в Китай, где начал переговоры с Цзунлияменем (министерством иностранных дел). Стороны были непримиримы. Переговоры зашли в тупик. Компромисс был найден при посредничестве британского посла в Китае Томаса Уэйда.
Китай был озабочен подготовкой к войне с Йеттишаром (мусульманское государство в Синьцзяне, возникшее в результате дунганского восстания).
31 октября Япония и Цин заключают перемирие, по которому Япония выводила войска из Тайваня, а китайцы выплачивали компенсацию пострадавшим японским морякам и родственникам погибших. Это был первый международный договор, который признавал за Японией суверенитет над архипелагом Рюкю. И жители Рюкю теперь рассматривались как подданные Японии.
Китай должен был выплатить около 18.7 тонн серебра в качестве контрибуции и в два раза больше на компенсацию семьям убитых рыбаков и около 75 тонн серебра в счёт расходов, понесённых японским правительством при прокладке дорог и возведении зданий на острове.
С этой поры цинские власти становилось ответственными за все случаи морского разбоя как на острове, так и в китайских водах. Япония же предоставила Формозу китайцам и должна была к 20 декабря 1874 года очистить остров. Через 1 день после ухода японской экспедиции лагерь был обращён в пепел – китайцы сожгли всё купленное, считая пользоваться этим унизительным.