После разрыва с бывшим учителем Рамануджа отправился к Ямуначарье, который разрабатывал философские аспекты творчества альваров . Однако из-за смерти Ямуначарьи своего нового учителя Рамануджа так и не увидел. Формально Рамануджа присоседился к общине Шрирангама спустя год после смерти Ямуначарьи. Старший ученик Ямуначарьи, Махапурна дал ему посвящение. Он также стал вторым учителем для Рамануджи. Однако жена Рамануджи оказалась недовольна выбором учителя, поскольку Махапурна был более низкой подкасты брахманов, чем сам Рамануджа. В результате произошел разрыв между учителем и учеником. Это был не первый случай, когда жена Рамануджи вмешивалась в его духовное развитие. В предыдущий раз она не дала разделить Раманудже трапезу с Канчипурной на том основании, что тот был шудрой. На сей раз Рамануджа отослал жену назад к её родителям и принял саньясу.
Отречение от мирской жизни знаменует начало его новой жизни как философа и вайшнавского теолога. Он путешествует по Индии и участвует в публичных дебатах с представителями других направлений Веданты. Многие из его оппонентов в последующем становятся учениками Рамануджи. Победа в дебатах над опекунами храма открыла ему доступ к административному управлению храмом Шрирангама. Благодаря Раманудже в Шрирангаме появилась упорядоченная система религиозного поклонения. В последующем она была распространена Рамануджей на другие вайшнавские храмы, что привело к унификации богослужения Вишну в Южной Индии и заложило основу для интеграции шри-вайшнавизма. И в настоящее время разработанные им ежедневные правила соблюдаются в храмовом и домашнем поклонении как в Индии, так и за её пределами.
В течение всей жизни Рамануджа вел активную проповедь и миссионерскую деятельность. Хотя шри-вайшнавизм пустил корни в Южной Индии задолго до прихода Рамануджи, в период альваров, однако Рамануджа стал первым мыслителем, выступившим с опровержением идей Шанкары и предложившим альтернативное толкование Веданты.
На закате жизни Рамануджи вайшнавы столкнулись с противодействием со стороны правителей государства Чола, которое занимало территорию Южной Индии. Поздние династии Чола не имели выраженного религиозного предпочтения, и их князья покровительствовали то буддизму, то индуизму. История не сохранила имени раджи, который устроил гонения на Рамануджу. Однако, по всей видимости, им был его современник, Кулоттунга I Чола (1070—1122). О нём известно, что Кулоттунга покровительствовал храмовому комплексу Шивы в Чидамбараме и сам был шиваитом. По преданию, Кулоттунга I велел убрать мурти Вишну в форме Говиндараджи из храма в Чидамбараме и отправить его в местожительство Вишну, то есть утопить в океане. Надписи на стенах храма в Чидамбараме с 1160 года свидетельствуют о том, что священники-шиваиты, поддерживавшие связи с вайшнавами, принудительно лишались своего имущества. Окончательно неизвестно, кем был политический противник Рамануджи (Кулоттунга Кулоттунга I или Кулоттунга II, который пришёл к власти за четыре года до научной даты смерти Рамануджи). Известно только, что под угрозой жизни Рамануджа был изгнан раджей из государства Чола. В течение 12 лет Рамануджа проживал на территории соседнего княжества в Мелукоте. Незадолго до смерти Рамануджа вернулся в Шрирангам, где и скончался, оставив после себя небольшое письменное наследие.