Заметим, что вне установленных хронологических рамок оказалось совещание 11 декабря 1904 г. во дворце генерал-адмирала, согласно протоколу которого сам великий князь Алексей Александрович и главный командир флота и портов и начальник морской обороны Балтийского моря вице-адмирал А.А. Бирилев считали нецелесообразным задерживать З.П. Рожественского на Мадагаскаре, тогда как великий князь Александр Михайлович, при некоторой поддержке вице-адмирала Ф.В. Дубасова, настаивал на том, что 2-я Тихоокеанская эскадра слабее японского флота и нуждается в усилении, почему ее не следует отправлять в дальнейшее плавание до присоединения подкреплений[29].
Таким образом, следствие изначально ставило командующего 2-й Тихоокеанской эскадрой в невыгодное положение. Что касается офицеров броненосца «Орел», то по отношению к ним была проявлена разумная снисходительность. Император Николай II, видимо, по докладу занявшего должность морского министра А. А. Бирилева, исключив 22 августа 1905 г. из службы, с лишением чинов, Н.И. Небогатова и командиров броненосцев береговой обороны С.И. Григорьева и Н.Г. Яншина, вопрос о таких же мерах по отношению к К. Л. Шведе повелел отложить до выяснения обстоятельств.
Позднее, 22 февраля 1906 г., Следственная комиссия своим постановлением ходатайствовала о «полном освобождении от следствия и суда» раненых – лейтенантов Ф.П. Шамшева, Л.В. Ларионова, К.П. Славинского, мичманов О.А. Щербачева, A. Д. Бубнова, князя Я.К. Туманова. 27 февраля император соизволил удовлетворить это ходатайство. Спустя месяц, 22 марта, аналогичное постановление, которое также было удовлетворено, комиссия вынесла в отношении лейтенантов И.Н. Никанова и B. А. Саткевича.
Нижние чины броненосца оказались в еще более выигрышном положении, так как согласно приказу морского министра Главное военно-морское судное управление еще 30 сентября 1905 г. ориентировало Следственную комиссию: «…Преступные же деяния нижних чинов после спуска пред неприятелем флага или во время плена оставлять без расследования, как учиненные лицами, не принадлежащими к составу российского флота»[30]. По этой причине на допросах практически все они выступали как свидетели. Надо сказать, что в подавляющем большинстве показания нижних чинов, сохранившиеся в фондах РГАВМФ, весьма лаконичны и малоинформативны, поэтому в настоящей публикации предпочтение отдано дневникам.