В течение 1909 года Замятин работал на разных заданиях: в августе и сентябре он проверял чертежи верфей Белого моря в Архангельске, посещал поражающие своими размерами Путиловский и Металлический заводы, где изготавливались детали для линкоров, переводил отрывки из статьи о кранах, написанной французским инженером, и контролировал доставку новой лебедки. Следующим летом он был назначен на должность инженера по техническим занятиям в черноморском порту Поти. В период с 1909 по 1915 год он опубликовал более десятка статей о разработках в области проектирования судов, экскаваторов, подводных лодок и ледоколов, где активно выступал за замену паровых двигателей на двигатели внутреннего сгорания. С 1911 года, несмотря на неопределенный политический статус своего протеже, декан Боклевский регулярно продлевал его контракт «преподавателя корабельной архитектуры» в Политехе [BDIC, dossiers 133Б/120 (3)]. На протяжении долгих лет инженеры и коллеги из института останутся близкими друзьями Замятина.
В течение этих лет ему приходилось постоянно переезжать, чтобы полиция его не обнаружила, так как по условиям внутренней ссылки ему до сих пор официально не было разрешено жить в Санкт-Петербурге. Он катался в город и в Политех, но был вынужден искать жилье за городом, в частности в Сестрорецке, к северо-западу от столицы, и на побережье у Лахты, что было немного ближе. К счастью для него, произошла административная путаница по поводу того, к какому именно учебному заведению он принадлежит, что помешало властям поступить с ним в соответствии с их первоначальными планами:
Повестка: явиться в участок. В участке – зеленый листок: о розыске «студента университета Евгения Ивановича Замятина», на предмет высылки из Петербурга. Честно заявляю, что в университете никогда не был и что в листке – очевидно, ошибка. Помню нос у пристава – крючком, знаком вопроса: «Гм… Придется навести справки». Тем временем я переселяюсь в другой район: там через полгода – снова повестка, зеленый листок, «студент университета», знак вопроса и справки. Так – пять лет, до 1911 года, когда наконец ошибка в зеленом листке была исправлена и меня выдворили из Петербурга [Галушкин и Любимова 1999: 10] (Автобиография 1928 года).
Когда в июне 1911 года полиция все-таки обнаружила его, Замятин сообщил Людмиле, что ему дали три-четыре дня, чтобы уехать из Петербурга, но все же продолжал надеяться, что декан Боклевский попытается спасти положение. Однако ему пришлось временно прекратить работать, так как если бы полиция обнаружила, что он остался в городе, ему могли дать три месяца тюрьмы. Боклевский обратился к губернатору с просьбой разрешить Замятину жить в Санкт-Петербурге, но эта просьба была отклонена «ввиду имеющихся в Охранном Отделении неблагоприятных сведений об инженере <…> Евгении Ивановиче Замятине»