Замятин запомнил несколько тяжелых моментов из раннего детства. В возрасте восемнадцати месяцев его держали перед окном, чтобы он смог увидеть багровое солнце – он болел и, видимо, был близок к смерти. Он помнил чувство отчаяния, испытанное примерно через год, когда в церкви соседнего Задонска потерял своих родителей в людской толпе. Еще одно воспоминание: его мать и тетя Варя спешат закрыть двери в дом, в то время как по улице перевозят больных холерой. Он также запомнил собственную гордость, когда, облачившись в длинные брюки, первый раз пошел в местную гимназию. Его отец, Иван Дмитриевич, преподавал латынь и каллиграфию в нескольких местных школах и отвечал за религиозное образование учеников. Когда ему было одиннадцать и он поправлялся от кори, Евгений создал свой собственный журнал «Калейдоскоп». После пяти лет обучения в школе в сонной Лебедяни, получив сертификат, подписанный учителями (в том числе и отцом), где упоминались его очень хорошее поведение, работоспособность и успехи, и книгу в подарок, юный Замятин в возрасте двенадцати лет переехал в интернат при гимназии в Воронеже, губернском городе в ста километрах к югу[8]. Как и Лебедянь, Воронеж расположен на шумном Дону, одной из главных водных артерий России.
Описывая свои школьные годы в Воронеже, с 1896 по 1902 год, Замятин упоминает случай из своей школьной жизни: однажды, когда ему было четырнадцать лет, его укусила бешеная собака и он решил никому не рассказывать об этом, а выждать две недели, в течение которых могло проявиться заражение бешенством. Это было мальчишеское испытание собственного характера – в течение этого времени он вел дневник, чего больше не делал никогда. Когда он рассказал о случившемся, его сразу отправили в Москву на курс инъекций, но все оказалось хорошо. В возрасте семнадцати лет он написал письмо своей сестре Александре, которая училась в другом городе. В письме видны как привязанность, так и некоторое важничание: он описывает игру на фортепиано и поход в театр, перечисляет отличные отметки, полученные по всем предметам, рассказывает, как ему понравился вышедший в 1863 году роман Г. П. Данилевского «Свобода» (в нем описывались проблемные стороны манифеста об отмене крепостного права 1861 года). Он обещает предоставить сестре несколько идей для письменного сочинения, которое ей нужно было написать (ему самому тоже задали сочинение о лирических отступлениях в «Мертвых душах» Гоголя), а конец письма, по просьбе сестры, посвящает долгому (и несколько помпезному) размышлению об истинной природе любви