Вернувшись в Медину победителем, Мухаммед нанес удар по иудеям, не признававшим его авторитет. Еврейский клан бану кайнука был заподозрен в измене или, по крайней мере, во враждебности к исламу. После нескольких уличных столкновений иудеи заперлись в своем квартале и две недели выдерживали осаду мусульман. Другие иудеи, ал-надийр и кузейра, их не поддержали. В конце концов голод заставил осужденных сдаться. Все племя было изгнано из города, а его имущество конфисковано: изгнанники взяли только то, что могли унести с собой. Мухаммед получил из этой добычи пятую часть.
Войдя в силу, Мухаммед позаботился и о том, чтобы расправиться с инакомыслящими. Он не отдавал прямых приказов, а лишь жаловался вслух на тех, кто ему досаждал. Женщина Асма бинт Марван написала на него сатиру, призывая мединцев покончить с властью чужеземца, который без жалости расправился с собственными соплеменниками. «Кто же освободит меня от этой несносной женщины?» – с досадой спросил Мухаммед. Некий Умейр в ту же ночь проник в дом Асме, нашел ее спящей среди своих детей и пронзил мечом. «Ты оказал услугу и Аллаху, и Его Пророку!» – воскликнул Мухаммед, узнав об этом. В другой раз так же ночью в своем доме убили Абу Афака, посмевшего высмеять Пророка в своих стихах.
С Каб ибн Ашрафом, еще одним противником Мухаммеда, вышло сложнее: он держался настороже и не давал возможности напасть на него врасплох. Тогда его молочный брат Абу Наила, ревностный мусульманин, уговорил его ночью прогуляться без оружия. Каб ибн Ашраф решил, что от своего родственника ему опасаться нечего, и согласился. Когда они оказались в уединенном месте, Абу Наила по-братски его обнял и начал трепать ему волосы, как бы играя; но вдруг крепко схватил за кудри, бросил на землю и держал до тех пор, пока подоспевшие из укрытия мусульмане не добили жертву. Утром они принесли Мухаммеду голову убитого, и тот восславил Аллаха. Иудеям, пришедшим к нему с жалобой на убийство, Пророк объяснил, что так будет с каждым, кто посмеет обидеть мусульманина. Евреи притихли и больше не смели выступать против Мухаммеда.
Мекканцы не сразу решились отомстить за позорное поражение при Бадре. Долгое время тянулся выкуп пленных: за каждого захваченного в битве мекканца мусульмане требовали по 80 верблюдов. Впрочем, многих своих родственников, попавших к нему в плен, Мухаммед отпустил без выкупа. Некоторые пленники, не имевшие денег, заплатили тем, что обучили грамоте мусульманских детей.