Как раз в это время по указанию Османа начался составляться кодекс Корана. Это было сложным делом, поскольку существовали разные списки изречений Пророка, а некоторые были известны только устно и передавались по памяти. В трудных случаях обращались к еще живым соратникам Мухаммеда и спрашивали, слышали ли они, как Пророк говорил то-то или то-то; если изречение подтверждалось, его включали в канон. Осман опирался на мединский сборник, составленный его секретарем Зайдом бен Сабитом и дополненный самим халифом. Редакция Османа была принята как единственно правильная, а остальные варианты уничтожены, что дало повод для многих споров и разногласий. В разных городах нашлись люди, утверждавшие, что их Коран более верный. В Басре это был Абу Муса, в Куфе – Абдулла ибн Массуд, искренне возмущенный тем, что его тексту, составленному еще во временя гонений на мусульман, предпочти список какого-то юнца Зайда.
Многих Осман настроил против себя тем, что отстранил от власти старых сподвижников Пророка и приблизил своих родственников, дядю аль-Хакама и его сыновей Марвана и аль-Хариса. Аль-Хакам до этого находился в ссылке, куда его отправил сам Мухаммед, считавший его своим политическим врагом. И вот такого человека, бывшего гонителя Пророка, Осман поставил рядом с собой только потому, что тот был его близким родственником. К ним присоединилась и другая родня халифа, которой он раздавал щедрые подарки и поручал самые ответственные должности.
В это время Осману пришло анонимное письмо, в котором говорилось: «Заклинаем тебя Аллахом подумать об общине Мухаммеда, ведь мы боимся, что расстроится ее дело твоими руками, потому что ты посадил на шеи людям своих собратьев». В вину Осману ставили и то, что он разрушил старую мечеть Мухаммеда и вместо нее поставил другую, более просторную и красивую: это расценивали как знак неуважения к Пророку. Его обвиняли в том, что он добавил к двум призывам на молитву третий, а также увеличил длительность самой молитвы.
В Дамаске некий Абу Зарр обличал нечестие и порочный образ жизни дяди халифа аль-Хакама. Он же подал мысль, что халифом должен быть не Осман, а более достойный человек – Али. В Египте Абдулла ибн Саб, иудей из Южной Аравии, начал проповедовать учение о том, что Мухаммед вернется на землю перед концом света, а пока миром должны править его помощники из самых приближенных – имелся в виду Али. Наконец, один из учеников Абдуллы, Малик аль-Аштар, устроил переворот в Куфе и отказался подчиняться халифу.