Николай снова вернулся в Россию в 1879 году и был хиротонисан во епископа Православной Церкви в Японии. В это время он начал работу, которая давно была у него на сердце, а именно сбор средств для возведения прекрасного собора в Токио26. Строительство этого собора было начато в 1884 году и завершено в 1891 году. Это великолепное здание, безусловно, лучшее церковное сооружение в Японии. Он стоит на возвышении, с которого, кажется, возвышается над всем городом. Стоимость этого собора составила 177 575 долларов серебром.
В этом соборе можно услышать лучшее хоровое пение во всей империи. Тем, кто считает, что невозможно хорошо выучить японский язык, достаточно посетить службу в этом соборе, чтобы изменить свои взгляды. Хор из нескольких сотен голосов обучен петь в совершенной гармонии, а музыка вдохновляет. Путешественники, слышавшие музыку в самых известных соборах и церквях Европы и Америки, говорят, что не слышали лучшего пения чем в Токийском соборе. Православная церковь оказала большое влияние на развитие музыки в Японии.
Православные приходы есть по всей стране, но в основном работа ведется в городах и крупных поселках. Как и Римская церковь, Православные отказываются от общения с различными протестантскими объединениями. Сегодня к Православной церкви принадлежат видные деятели из разных слоев общества.
Одной из особенности миссии начатой епископом Николаем стало то, что он привлекал совсем небольшое число иностранных священников, стараясь воспитывать и обучать местных японцев-христиан, способных к священническому делу. Кого-то отправляли обучаться за границу, откуда потом они возвращались в Японию и становились приходскими священниками.
В Православной церкви Японии 21 священник и 158 служителей разного рода. В настоящее время церковь продолжает служение в 219 областях. Имеется 1 школа-интернат для мальчиков на 47 учащихся; одна для девочек с 76 ученицами; и одна духовная школа с 18 учениками. Численность прихожан в конце 1895 года составила 22 576 человек, а сумма, внесенная на все цели в течение этого года, составила 4754,95 доллара.