Не смотря на жесточайшие гонения, Римская Церковь никогда не прекращала посылать время от времени новых миссионеров, что она делает и по сей день. Однако уже в 1846 году папа понял, что Япония скоро вновь станет открытой страной и уже тогда послал одного епископа вместе со священниками, которые поселились на соседних островах Люкиу22 и терпеливо ждали удобного случая. Как только были заключены договоры с иностранными государствами, и страна была открыта, они тотчас возобновили миссионерскую работу в Японии.
Спустя несколько лет новоприбывшие священники обрадовались, найдя в окрестностях Нагасаки несколько христианских общин, переживших кровавые гонения и притеснения со стороны жестоких властей.
За долгий срок отсутствия священников общины сбились с пути, у них не было должного наставления и руководства, отсутствие Библии также сказалось на качестве их веры. Но несмотря на это они все еще сохраняли определенные знание о Боге, Иисусе Христе и Деве Марии. Особенно стоит отметить, что в таких общинах проводили крещение и помнили некоторые молитвы.
Более двухсот лет эти общины тайно сохраняли веру, в них входили люди, которые смогли вернуться к себе домой лишь в 1873, после долгой ссылки, когда дух гонений не смог сломить их веру. Таковых было более 4000 человек.
Ошибка римлян заключалась именно в том, что они не перевели Библию на местный язык. Ксаверий и его преемники не оставили общинам Слово Божье, которое могло бы стать светом для верующих после изгнания священников. Если бы у них была Библия, то после открытия Японии мы бы увидели совсем других людей, как это было, к примеру, на Мадагаскаре23, однако сейчас вера во многих общинах страны представляет собой все, что угодно, но не веру в Бога.
Понимание о важности Библии отличается у католиков и протестантов. Одним из первых усилий, которые предприняли протестантские церкви в Японии был перевод Библии – прекраснейший перевод, который был издан более десяти лет назад. Римская же церковь при всех их возможностях и богатстве до сих пор не издала Библию на японском языке. Хотя некоторые священники и местные ученые, заняты переводом Вульгаты, которая несомненно будет скоро опубликована.