Заметив нарушение, прокурор вначале устно предлагал устранить его, а если это не помогало, использовал право принесения протеста, который приостанавливал исполнение того действия или постановления, где прокурор усмотрел нарушение. Генерал-прокурор, получив «доношение» своего подчиненного, как правило, «инстиговал» его, то есть принимал меры к быстрому и правильному рассмотрению. Зачастую по таким «доношениям», с подачи генерал-прокурора, принимались специальные сенатские решения.
* * *
Первое время Ягужинский тратил немало сил, чтобы навести в сенате хоть элементарный порядок. Основное внимание он сосредоточил на контроле за повседневной работой, за правильностью и законностью разрешения дел, их своевременным прохождением, порядком заседаний и прочими дисциплинарными моментами. Стремясь к возвышению над сенатом, он все свои предложения к сенаторам обычно прикрывал авторитетом Петра, с которым оставался очень близок. Коллегиальные решения еще были чужды сознанию самолюбивых сановников, сенаторы не привыкли считаться с чужим мнением и уважать его, поэтому в заседаниях зачастую возникали споры, крики и брань, а иногда даже потасовки. В связи с этим 16 октября 1722 года Ягужинский даже написал особое «предложение» сенату, в котором просил сенаторов воздерживаться от ссор и споров, «ибо, прежде всего, это неприлично для такого учреждения».
Постепенно генерал-прокурор занимает ключевое положение в государственном управлении. Русский историк В. О. Ключевский писал по этому поводу: «Генерал-прокурор, а не сенат, становился маховым колесом всего управления; не входя в его состав, не имея сенаторского голоса, был, однако, настоящим его президентом, смотрел за порядком его заседаний, возбуждал в нем законодательные вопросы, судил, когда сенат поступает право или неправо, посредством своих песочных часов руководил его рассуждениями и превращал его в политическое сооружение на песке».
В. О. Ключевский не случайно упомянул о песочных часах. Дело в том, что в то время в сенате существовал такой распорядок: сенаторы, выслушав доклад по какому-либо вопросу, имели право переговорить меж собой о том или ином деле, и для этого им давался срок от получаса до трех часов. Для определения точного времени генерал-прокурор имел под рукой песочные часы. Как только доклад заканчивался, он тотчас ставил часы на стол. Когда весь песок высыпался, сенаторы обязаны были немедленно садиться на свои места и «подавать голоса», начиная с младших.