Настоящей опоры Софья должна была искать в иных общественных элементах и нашла ее в том общественном классе, на который опирались Романовы с самого своего избрания, – в поместном дворянстве. Поняв опасность и непрочность своего положения в столице, Софья с обоими царями выехала 19 августа из Москвы в село Коломенское, откуда перебралась в Саввин-Сторожевский монастырь, а затем в Троицкий. По окрестным уездам были посланы грамоты с предписаниями помещикам немедленно собраться и явиться к государям. Отовсюду съезжались дворянские полки. Когда количество этого дворянского войска оказалось достаточным, Софья велела схватить Хованского и казнить его с сыном без всякого суда. Казнь была совершена 17 сентября, в день ее именин, в отстоящем в 10 верстах от Троицкой лавры селе Воздвиженском, где находилась тогда и сама царевна с государями. Стрельцам нанесен был сильный удар. Первым их инстинктивным движением было схватиться за оружие: они заперлись в Кремле, сели там в осаде. Это было уже настоящее восстание против правительницы. Троицкий монастырь, куда укрылся двор, был переведен на военное положение, как во время знаменитой осады его поляками: везде расставлены были караулы, из бойниц стен выглянули дула орудий. Монастырь стал центром, к которому стягивалась служилая рать. Ее сила была столь внушительна, что стрельцы струсили и решили сдаться. Современники живо изображают, как напуганы были они идущей отовсюду на Москву дворянской ратью и с каким трепетом шла под предводительством суздальского митрополита Илариона выборная депутация от них в Троицкий монастырь с повинной. Депутаты опасались, что их перехватают и казнят так же, как Хованских. Софья, приняв депутацию, согласилась простить стрельцов, если они заслужат прощение своими головами. Стрельцам были предписаны условия, исполнять которые они обязались под присягой. Собираться в круги по-казачьи было им теперь запрещено: столб на Красной площади с хвалебной надписью в память майских убийств велено было сломать; наиболее предприимчивые стрелецкие вожаки были разосланы по уездным городам. Начальником Стрелецкого приказа назначен был думный дьяк Ф.Л. Шакловитый, энергичными и суровыми мерами восстановивший в войске хотя некоторую дисциплину. Только после этих мер Софья стала действительной правительницей государства. К ноябрю 1682 г. двор вернулся в Москву.