Эти президентские выборы были первыми, в которых исход не был предопределен заранее. В различных штатах они проводились в разное время с 4 ноября по 7 декабря 1796 г. Победил Адамс, но незначительным большинством: он получил 71 голос выборщиков, тогда как его главный соперник Джефферсон – 68. В результате Джефферсон стал вице-президентом. Это был один из немногих случаев в американской истории, когда была предпринята персональная попытка смягчить межпартийную борьбу путем сотрудничества двух лиц на высших исполнительных постах. Президент и вице-президент приступили к исполнению своих обязанностей 4 марта 1797 г. Эта дата в дальнейшем стала традиционной для инаугурации нового президента.
Однако серьезных результатов в примирении фракций добиться не удалось. Преобладание в Конгрессе федералистов привело к тому, что Адамс сохранил в основном прежний состав кабинета. С вице-президентом у него установились более или менее терпимые отношения, за что федералисты нередко его осуждали. Джефферсон лукаво признавал: «Сторонники Гамильтона, которые его [президента] окружают, лишь немногим менее враждебно относятся к нему, нежели ко мне».
Политическая жизнь страны в последние годы XVIII в. была заполнена острой, подчас истерической борьбой соперничавших группировок, фактически превратившихся в партии. Республиканцы-демократы обвиняли федералистов в том, что те – скрытые монархисты и даже британские агенты, готовые восстановить колониальный статус. Федералисты называли республиканцев анархистами и даже якобинцами, стремившимися установить в США режим террора по примеру французских якобинцев.
В этих условиях Адамс повел себя не лучшим образом. Молчавший при Вашингтоне, теперь он стремился выговориться, подчас не к месту, еще более настраивая против себя не только противников, но и однопартийцев. По признанию многих современников, он проявил себя скорее политическим аналитиком, чем практиком. Через много лет, в 1812 г., он признавал в одном из писем, значительно, впрочем, преувеличивая: «Я постоянно жил во враждебной стране». На словах президент критически относился к своим действиям, он даже как-то заявил: «Я всегда намечаю хорошие решения и никогда не выполняю их».
Точно так же, как в последние годы президентства Вашингтона, при Адамсе существовал приоритет внешней политики. Он прилагал все силы, чтобы сохранить нейтралитет США во время великого европейского конфликта, главными участниками которого были Франция и Великобритания. Президент понимал, что только неучастие в войне может способствовать укреплению и в будущем процветанию слабых еще США. В то же время каждая из воевавших сторон прибегала ко всевозможным, в том числе провокационным, уловкам, чтобы привлечь заокеанскую республику на свою сторону.