В 1478 году папа предоставил правителям Испании учреждать инквизицию и управлять ее работой – в частности, посредством системы судов, эффективно контролировавших священнослужителей страны и находившихся под постоянным надзором со стороны королевской власти, а не папы или епископов. Инквизиторы обладали властью над всеми религиозными орденами, а с 1531 года и над епископами, причем никакие апелляции из Рима не могли отменить их вердикт.
В течение XV столетия короли Франции, хотя и менее успешно, чем короли Англии, ограничили власть папы. В 1516 году, после длительных переговоров между папой и королем Франциском I был подписан Болонский конкордат, соглашение, определявшее законодательные отношения между папой и французской короной вплоть до Французской революции 1789 года.
Король получил право назначения на все высшие посты во французской церкви и ограничил право апелляции духовенства перед римским престолом. Теперь он смог назначать 10 архиепископов, 82 епископа, настоятелей 527 аббатств, а также бесчисленное количество приходских священников и каноников. Распределяя милости и пожертвования, король косвенно контролировал собственность церкви. Он не церемонился, если ему требовалось получить церковные деньги.
В XV веке английские короли также контролировали назначения в епископства. Даже такие слабые правители, как германский император Фридрих III Габсбург и короли Шотландии, получили право назначать своих епископов. Венецианской республике пришлось выдержать несколько войн с Римом, чтобы прийти к тому же самому результату.
Папы медленно, но неуклонно теряли реальную (не формальную) власть над церковью в различных государствах: право назначения на высшие посты, взимать контрибуции и устанавливать освобождение церковных учреждений от налогов, вмешиваться в постановления местных властей.
Очевидно, что самыми большими потерями для папского авторитета стало разрешение испанской инквизиции и подписание Болонского конкордата с французским королем. Власть папы уменьшалась, государства становились сильнее. Чем более сильным становилось правительство, тем более беззащитными оказывались обширные богатства и владения коррумпированной церкви перед лицом закона, усиливая тем самым призывы к Реформации.
Реформация не всегда становилась средством укрепления власти законных правителей страны. Напротив, во многих случаях протестантское движение было связано с политическим протестом против внешней экспансии или иностранного сюзерена, как, например, в Шотландии, Нидерландах, Швеции, некоторых швейцарских городах, в отдельных немецких княжествах, искавших независимости от императорского надзора. Даже английская политическая революция против папы оказалась слабой рефлексией на попытку избавления от иностранного господства.